针对您提出的“村民小组私自把外村人户口迁入本村并分配土地已有20年该如何处理”的问题，这确实是一个涉及农村土地管理和户籍管理的复杂情况。以下是我根据相关法律法规和类似案例，为您提供的详细解答：
一、法律背景与原则
农村土地承包法：根据《中华人民共和国农村土地承包法》，农村土地承包经营权是农民的重要财产权，其分配、调整和管理需严格遵循法律规定。承包期内，发包方不得随意调整承包地。
户籍管理：户籍的迁入和迁出需遵循国家户籍管理制度，私自迁入户口并分配土地可能涉及违法违规行为。
二、具体问题分析
村民小组的行为合法性：
- 村民小组私自将外村人户口迁入本村并分配土地，这一行为可能违反了户籍管理规定和农村土地承包法的相关规定。
- 如果外村人并未通过合法途径获得本村户籍，且村民小组未经法定程序（如村民会议或村民代表会议讨论决定）就分配土地，那么这一行为很可能是无效的。
土地分配的有效性：
- 即使外村人已经实际耕种了土地20年，但如果其获得土地的方式不合法，那么其土地承包经营权可能不受法律保护。
- 在类似案例中，如【以案释法 案例解读】中所述，村民小组在未经原承包人同意的情况下私自转包土地，被认定为无效行为，转包方需返还原承包人的土地。
历史遗留问题的处理：
- 考虑到这一行为已经持续了20年，可能涉及历史遗留问题。在处理时，应充分考虑当时的法律环境、政策背景以及实际情况。
- 如果当时存在特殊的政策环境或历史原因导致这一行为的发生，那么在处理时可能需要采取更加灵活和务实的态度。
三、处理建议
调查核实：
- 首先，应对这一行为进行详细的调查核实，包括外村人户口迁入的合法性、土地分配的程序和依据等。
- 可以查阅相关档案、会议记录、合同协议等文件，以获取更全面的信息。
法律咨询：
- 在处理前，建议咨询专业的法律人士或当地农业农村部门、户籍管理部门等，以获取更准确的法律意见和指导。
协商解决：
- 如果可能的话，可以尝试通过协商的方式解决这一问题。例如，可以组织村民小组、外村人以及相关政府部门进行座谈会，共同商讨解决方案。
- 在协商过程中，应充分考虑各方的利益和诉求，寻求公平合理的解决方案。
依法处理：
- 如果协商无果或存在明显的违法违规行为，那么应依法进行处理。例如，可以撤销不合法的土地分配决定、恢复原承包人的土地承包经营权等。
- 在处理过程中，应确保程序的合法性和公正性，避免引发新的矛盾和纠纷。
四、预防措施
为了避免类似问题的再次发生，建议加强农村土地管理和户籍管理的规范性和透明度。例如：
- 完善土地分配和调整的程序和规定，确保决策的合法性和公正性。
- 加强户籍管理，严格审核户口迁入的合法性和必要性。
- 加强宣传教育力度，提高村民的法律意识和规则意识。
综上所述，针对您提出的问题，应首先进行调查核实和法律咨询，然后尝试通过协商的方式解决。如果协商无果或存在违法违规行为，则应依法进行处理，并加强预防措施以避免类似问题的再次发生。