建设单位在设施项目工程中是可以扣质保金的，但具体是否扣除及扣除的比例、方式等需依据合同约定及相关法律规定来确定。以下从多个角度进行详细分析：
一、质保金的定义与目的
质保金，即工程质量保证金，是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。其目的在于确保工程质量，保障发包人的合法权益。
二、质保金的扣除依据
合同约定：
- 建设单位与施工单位在签订建设工程施工合同时，通常会明确约定质保金的预留比例、支付方式、返还条件等。这是双方协商一致的结果，具有法律约束力。
- 如果合同中明确约定了质保金的扣除条款，建设单位在符合约定条件的情况下，是有权扣除质保金的。
法律规定：
- 根据《建设工程质量保证金管理办法》等相关规定，发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的3%。
- 这些规定为质保金的扣除提供了法律依据，但具体扣除比例和方式仍需以合同约定为准。
三、质保金的扣除条件与程序
扣除条件：
- 质保金的扣除通常与工程的缺陷责任期相关。在缺陷责任期内，如果工程出现质量问题或需要维修，建设单位有权要求施工单位进行维修，并从质保金中扣除相应的维修费用。
- 如果施工单位未按照合同约定履行维修义务，建设单位也有权扣除质保金以弥补损失。
扣除程序：
- 建设单位在扣除质保金前，应通知施工单位，并说明扣除的原因、金额等。
- 施工单位对扣除有异议的，可以与建设单位协商解决；协商不成的，可以依法申请仲裁或者向人民法院提起诉讼。
四、特殊情况下的处理
合同无效或解除：
- 如果建设工程施工合同被认定无效或解除，质保金的扣除问题可能需要根据具体情况进行协商或诉讼解决。
- 在这种情况下，双方应依据相关法律规定和合同约定，合理确定质保金的返还或扣除问题。
质保金返还：
- 在缺陷责任期届满后，如果工程无质量问题或施工单位已履行维修义务，建设单位应按照合同约定返还质保金。
- 如果建设单位无正当理由拒绝返还质保金，施工单位有权依法追讨。
五、法律建议
对于建设单位：
- 在签订建设工程施工合同时，应明确约定质保金的预留比例、支付方式、返还条件等条款，以避免后续纠纷。
- 在扣除质保金前，应确保符合合同约定和法律规定，并通知施工单位说明扣除原因和金额。
对于施工单位：
- 应认真审查合同条款，了解质保金的预留和扣除情况，确保自身权益不受损害。
- 在缺陷责任期内，应积极履行维修义务，避免因未履行维修义务而被扣除质保金。
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