建筑工程工程进度款一般并不直接扣除3%作为质保金，但质保金的预留是常见的，具体比例和方式需依据合同约定及相关法规。以下是对此问题的详细分析：

一、质保金的基本概念

质保金，即工程质量保证金，是发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。其目的在于确保工程质量，保障发包人的合法权益。

二、质保金的预留比例与方式

1. 预留比例：

   • 质保金的预留比例并非固定为3%，而是根据合同约定以及相关法律法规来确定。一般来说，质保金的预留比例会在合同中明确约定，可能因工程类型、规模、风险等因素而有所不同。
   • 根据《建设工程质量保证金管理办法》等相关规定，质保金的预留比例上限通常为工程价款结算总额的3%，但具体比例需由发承包双方在合同中约定。

2. 预留方式：

   • 质保金可以从工程进度款中预留，也可以在工程结算时一次性预留。具体方式需根据合同约定来确定。
   • 如果合同约定从工程进度款中预留质保金，那么发包人会在每次支付工程进度款时，按照约定比例扣除相应金额作为质保金。

三、工程进度款与质保金的关系

1. 工程进度款：

   • 工程进度款是发包人按照工程实际进度，根据合同约定向承包人支付的款项。它反映了承包人已完成工程部分的价值。

2. 质保金与工程进度款的关系：

   • 质保金并非直接从工程进度款中“扣除”一个固定比例（如3%）作为质保金，而是根据合同约定，在支付工程进度款时，按照约定比例预留一部分资金作为质保金。
   • 这意味着，如果合同约定质保金比例为3%，那么发包人在支付工程进度款时，会按照该比例从应付款项中预留出相应金额作为质保金，而非直接从工程进度款中“扣除”3%作为其他用途。

四、法律建议与风险提示

1. 审查合同条款：

   • 在签订建设工程承包合同时，应仔细审查合同中关于质保金的条款，包括预留比例、预留方式、返还条件等，确保自身权益得到保障。

2. 遵守法律法规：

   • 发承包双方应遵守相关法律法规，如《建设工程质量保证金管理办法》等，确保质保金的预留、使用、返还等符合法律规定。

3. 及时沟通与协商：

   • 在合同履行过程中，如遇到关于质保金的争议或问题，发承包双方应及时沟通与协商，寻求合理解决方案。

有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况和合同条款，为你提供更详细的法律建议。