关于加班调休年底清零是否合法的问题，主要取决于用人单位是否依法支付了加班费或安排了补休，以及是否与劳动者就相关事宜协商一致。以下是对此问题的详细分析：
若用人单位已支付加班费或安排了补休：
- 在这种情况下，加班调休年底清零通常是合法的。因为用人单位已经按照法律规定，对劳动者的加班进行了相应的补偿，无论是通过支付加班费还是安排补休的方式。此时，对加班调休额度进行清零，可以视为是对已处理完毕的加班情况的管理操作。
若用人单位未支付加班费且未安排补休，或未经协商单方面清零：
- 在这种情况下，加班调休年底清零可能是违法的。因为用人单位剥夺了劳动者主张加班报酬或休息的权利。根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者加班的，应支付相应的加班报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。若用人单位未履行这些义务，就擅自将加班调休额度清零，则构成违法。
若劳动合同或规章制度中有明确约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同或员工手册中明确约定了加班调休额度的有效期，并在设定时提前告知了劳动者，那么在有效期届满时对未使用的调休额度进行清零，一般是合法的。但前提是该约定不违反法律法规的强制性规定，且不存在明显不合理的情形。例如，约定加班调休额度需在当年内使用完毕，且用人单位平时也积极为劳动者安排调休，这样的约定通常是有效的。
法律建议：
- 劳动者：在遇到加班调休年底清零的情况时，首先应查看自己的劳动合同或员工手册，了解是否有相关约定。若没有约定或约定不合理，且用人单位未支付加班费或未安排补休，劳动者有权向用人单位提出异议，并要求支付加班费或安排补休。若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 用人单位：应遵守法律规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。在制定规章制度或签订劳动合同时，应明确加班调休额度的使用规则，并提前告知劳动者。同时，应积极为劳动者安排调休或支付加班费，避免引发劳动纠纷。
总结：加班调休年底清零的合法性取决于多个因素，包括是否支付了加班费、是否安排了补休、是否就调休额度清零与劳动者协商一致等。劳动者在维护自身权益时，应充分了解相关法律法规，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。