在车祸中员工负次要责任时，误工赔偿金额的计算需结合事故责任比例、实际误工损失及保险赔付情况综合确定。具体分析如下：

1. 责任比例与赔偿范围
   根据《道路交通安全法》及司法实践，次要责任通常指承担30%的赔偿责任（具体比例以交警《事故责任认定书》为准）。公司需赔偿员工因事故导致的实际误工损失的30%，但需以员工提供的合法证据为前提。

2. 误工损失的计算依据

   • 固定收入员工：按事故前3个月平均工资计算，需提供劳动合同、工资银行流水、完税证明等材料。
     
   • 无固定收入员工：按最近3年平均收入或同行业平均工资计算，需提供收入证明、纳税记录等。
     
   • 误工时间：以医疗机构出具的《病假建议书》或司法鉴定意见为准，需明确休息期限。

3. 保险赔付的抵扣规则

   • 若员工已通过交强险或商业险获得误工费赔偿，公司仅需补足剩余部分（如保险赔付不足30%时）。
     
   • 若公司为员工投保了雇主责任险或意外险，可依据保险合同约定向保险公司索赔，但需注意保险条款中的免责事项（如酒驾、无证驾驶等）。

4. 公司免责情形

   • 若员工存在重大过失（如故意违反交通规则），公司可依据内部规章制度或劳动合同约定减轻赔偿责任，但需在规章制度中明确规定并经民主程序公示。
     
   • 若事故与工作无关（如员工私自驾车外出），公司原则上不承担赔偿责任，但需举证证明事故非职务行为。

建议操作步骤：

1. 立即要求员工提供《事故责任认定书》、医疗机构诊断证明、收入证明等材料；
   
2. 核对保险合同，确认误工费赔付范围及限额；
   
3. 根据责任比例计算赔偿金额，并与员工协商达成书面协议；
   
4. 若协商不成，可引导员工通过劳动仲裁或诉讼解决，但需注意1年仲裁时效。
   

如有具体案例细节（如责任比例、收入构成等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供精准计算方案。