结论：镇政府以征代租建工厂后改变为商业用地的行为是否合法，需结合具体情况判断，但通常存在较大法律风险，可能涉及程序违法、实体违法或两者兼具。以下从不同角度详细分析：
一、程序合法性角度
征收程序需合法
根据《土地管理法》及其实施条例，土地征收需履行法定程序，包括：
- 发布征收公告并听取被征收人意见；
- 组织听证会（如被征收人申请）；
- 开展社会稳定风险评估；
- 拟定补偿安置方案并公示；
- 报省级以上政府批准（集体土地需国务院或省级政府批准，国有土地需市级以上政府批准）。
若镇政府未履行上述程序，直接以“以征代租”名义占用土地，属于程序违法。
改变土地用途需审批
即使土地已合法征收，若原用途为工业用地，后续变更为商业用地，需重新办理：
- 规划调整手续（需符合国土空间规划）；
- 土地用途变更审批（需报原批准征收的政府或上级政府批准）；
- 补缴土地出让金差价（商业用地出让金通常高于工业用地）。
若镇政府未履行上述审批手续，擅自改变用途，属于程序违法。
二、实体合法性角度
“以征代租”的合法性存疑
- 征收与租赁的法律性质不同：征收是行政行为，需以公共利益为目的并给予补偿；租赁是民事行为，需双方自愿协商。
- 若镇政府以“租赁”名义与村民签订协议，但实际按征收标准强制占用土地，可能涉嫌以合法形式掩盖非法目的，协议可能被认定无效。
- 若镇政府未与村民签订任何协议，直接占用土地，则构成非法占地，需承担行政责任（如责令退还土地、罚款）或刑事责任（如非法占用农用地罪）。
改变用途的实体合法性
- 需符合公共利益：根据《土地管理法》，土地用途变更需以公共利益为目的（如发展教育、医疗、基础设施等）。若变更为商业用地（如商场、酒店），需证明符合公共利益，否则可能被撤销审批。
- 需补偿到位：若土地用途变更导致原使用权人（如企业）损失，需依法给予补偿。若镇政府未补偿或补偿不足，可能引发行政诉讼。
三、法律后果与建议
若行为违法，可能面临以下后果：
- 行政责任：土地被收回、罚款、相关责任人被处分；
- 民事责任：赔偿被征收人或使用权人损失；
- 刑事责任：若涉及非法占地或贪污腐败，可能追究刑事责任。
对当事人的建议：
- 核实程序合法性：要求镇政府出示征收批准文件、规划调整文件、用途变更审批文件等；
- 核实补偿合理性：对比当地同类土地征收补偿标准，评估自身补偿是否到位；
- 及时维权：若发现违法行为，可向县级以上自然资源部门举报，或直接提起行政诉讼（诉讼时效为6个月）。
总结：镇政府“以征代租”并改变土地用途的行为，需严格符合法定程序和实体要求。若未履行审批手续或补偿不到位，通常不合法。建议您根据具体情况，进一步核实相关文件，必要时委托律师协助维权。如有其他疑问，可直接向我咨询。