结论：在合同中存在仲裁条款，且被告在答辩时未提出异议的情况下，法院通常不会驳回起诉，而是会依据仲裁条款裁定驳回原告的起诉，并告知当事人向仲裁机构申请仲裁。不过，也存在一些特殊情况，下面我将从不同角度为你详细分析。
一、一般情况下的处理原则
仲裁条款的效力：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，如果合同中存在有效的仲裁条款，且该条款符合法定形式和内容要求，那么当事人应当通过仲裁方式解决纠纷，而不是向法院起诉。
被告未提异议的后果：
- 如果被告在答辩时未对仲裁条款提出异议，这通常被视为被告接受了仲裁条款的约束。在这种情况下，法院会尊重当事人的仲裁意愿，并裁定驳回原告的起诉，告知当事人向仲裁机构申请仲裁。
二、特殊情况下的处理
仲裁条款无效的情形：
- 如果仲裁条款存在无效情形，如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等，那么法院将不会依据仲裁条款裁定驳回起诉，而是会继续审理案件。
被告在答辩期后提出异议：
- 虽然被告在答辩时未提出异议，但如果被告在答辩期后提出仲裁协议效力异议，并请求法院裁定驳回起诉的，法院可能会根据具体情况进行审查。不过，根据相关法律规定，当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。因此，如果被告在答辩期后提出异议，且该异议不符合法定条件，法院可能会不予支持。
三、法律建议
审查仲裁条款的有效性：
- 在签订合同时，双方应当仔细审查仲裁条款的内容，确保其符合法定形式和内容要求。如果仲裁条款存在无效情形，应当及时进行修改或补充。
及时提出异议：
- 如果被告认为仲裁条款无效或存在其他异议，应当在答辩期内及时向法院提出，以免错过提出异议的时机。
尊重仲裁意愿：
- 如果合同中存在有效的仲裁条款，且双方均同意通过仲裁方式解决纠纷，那么应当尊重仲裁意愿，按照仲裁条款的约定向仲裁机构申请仲裁。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款。后因合同履行发生纠纷，甲方向法院起诉。如果乙方在答辩时未对仲裁条款提出异议，法院将依据仲裁条款裁定驳回甲方的起诉，并告知甲方向仲裁机构申请仲裁。但如果仲裁条款存在无效情形，或者乙方在答辩期后提出符合法定条件的异议，法院可能会继续审理案件或不予支持乙方的异议。
后续思考：在处理涉及仲裁条款的合同纠纷时，当事人应当充分了解仲裁条款的法律效力和相关规定，以便在纠纷发生时能够做出正确的应对。如果你在处理此类纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。