在双方达成有效的仲裁协议后，原则上法院会驳回起诉，而非驳回诉讼请求，但在特定情形下，法院可能会受理案件并作出实体判决。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁协议的基本原则与效力
仲裁协议是双方当事人自愿将他们之间已经发生或可能发生的争议提交仲裁解决的书面协议。一旦仲裁协议有效成立，即具有排除法院对该争议案件管辖权的效力。这意味着，如果双方已经约定通过仲裁解决争议，那么一方通常不能单方面向法院提起诉讼，法院在受理时也会审查是否存在有效的仲裁协议，若存在，则通常会驳回起诉。
例子说明：假设甲公司和乙公司在合同中明确约定将因合同产生的一切争议提交某仲裁委员会进行仲裁。当双方发生纠纷时，如果甲公司选择向法院起诉，法院在审查后发现存在有效的仲裁协议，通常会依据仲裁协议驳回甲公司的起诉。
二、特殊情形下的法院管辖权
尽管仲裁协议原则上排除了法院的管辖权，但在以下特殊情形下，法院可以取得或恢复管辖权，此时法院可能会受理案件并作出实体判决，而非驳回起诉（当然，如果案件本身不符合起诉条件，如缺乏明确的被告、诉讼请求不明确等，法院可能会驳回诉讼请求）：
仲裁协议无效：
- 如果仲裁协议存在无效情形，如仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等，那么仲裁协议自始无效，当事人可以向法院起诉，法院在受理后会根据案件情况进行实体审理，而非驳回起诉或诉讼请求。
放弃仲裁协议：
- 如果双方当事人明确表示放弃仲裁协议，选择向法院起诉，或者一方当事人向法院起诉时未声明有仲裁协议，且另一方在首次开庭前未对法院受理该案提出异议的，视为放弃仲裁协议，法院应当继续审理并作出实体判决。
仲裁机构无管辖权或被撤销：
- 如果仲裁协议指定的仲裁机构不存在、无法履行仲裁职责，或者仲裁协议因其他原因被撤销，当事人也可以向法院起诉，法院在受理后会根据案件情况进行实体审理。
三、驳回起诉与驳回诉讼请求的区别
- 驳回起诉：是指法院在受理案件后，发现案件不属于法院管辖范围（如存在有效的仲裁协议），或者原告的起诉不符合法定条件（如缺乏明确的被告、诉讼请求不明确等），从而裁定不予受理或裁定驳回原告的起诉。这通常发生在案件受理阶段或审理初期。
- 驳回诉讼请求：是指法院在受理案件后，经过审理认为原告的诉讼请求缺乏事实或法律依据，从而判决驳回原告的诉讼请求。这通常发生在案件审理后期，法院已经对案件进行了实体审理。
在存在有效仲裁协议的情况下，法院通常会驳回起诉，而非驳回诉讼请求，因为此时案件不属于法院管辖范围，法院无需对案件进行实体审理。
四、法律建议
- 仔细审查仲裁协议：在签订仲裁协议时，应仔细审查协议条款，确保其有效性并了解可能的例外情况。
- 尊重仲裁协议：在达成仲裁协议后，应遵循协议的约定，通过仲裁方式解决争议，以维护双方的合法权益和仲裁制度的权威性。
- 及时寻求法律帮助：如果遇到特殊情形需要向法院起诉，或者对仲裁协议的有效性有疑问，应及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。