高标准农田建设存在违法分包问题，主要由农业农村部门和住房城乡建设部门主管，具体需结合违法分包的具体情形和环节来确定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 农业农村部门的主管职责
   高标准农田建设属于农业基础设施建设项目，其规划、立项、实施和验收等环节通常由农业农村部门主导。根据《农田建设项目管理办法》等相关规定，农业农村部门负责监督项目实施过程，包括对施工单位资质、工程质量和分包行为的合规性进行审查。若违法分包行为涉及项目整体管理、资金使用或工程质量问题，农业农村部门有权介入调查并依法处理。

2. 住房城乡建设部门的主管职责
   若高标准农田建设中的具体工程（如水利设施、道路施工等）属于建筑工程范畴，且违法分包行为涉及施工资质、安全生产或工程质量等核心问题，住房城乡建设部门将依据《建筑法》《招标投标法》及《建设工程质量管理条例》等法规行使监管权。例如，施工单位将工程分包给无资质或超越资质范围的单位，住房城乡建设部门可责令改正、没收违法所得，并处罚款。

3. 综合监管与协作机制
   实践中，农业农村部门与住房城乡建设部门可能建立联合监管机制，共同查处违法分包行为。例如，若违法分包导致工程质量缺陷或安全事故，两部门可联合调查，分别从项目管理、施工规范等角度追究责任。此外，若违法分包涉及贪污贿赂、挪用资金等刑事犯罪，纪检监察机关或公安机关将依法介入。

建议行动：
若您发现高标准农田建设中存在违法分包行为，可首先向当地农业农村部门举报，说明项目名称、违法分包的具体事实（如分包单位资质、分包内容等）；若涉及施工环节的违规操作，可同步向住房城乡建设部门反映。两部门将根据职责分工展开调查，并依法处理责任单位和个人。如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。