结论前置：父母购买的房子，房产证上只有一个名字，另一半写协议是否有效，需分情况讨论，若协议内容合法且不违反公序良俗，一般有效；若涉及特定情形，如房产为父母与子女共有但登记在一方名下，或协议内容违法，则可能无效。以下为详细分析：
一、协议有效的一般情形
协议内容合法：
- 若父母购买的房子，虽然房产证上只登记了一个人的名字，但另一方通过协议明确了自己的权益，如出资情况、共有份额等，且该协议内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。
- 例如，父母出资购房，但约定房产为夫妻共同共有，即使房产证上只写了一方的名字，另一方也可以通过协议来确认自己的共有权。
协议形式合法：
- 协议应当采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。口头协议在法律上虽然也有一定效力，但在涉及房产等重大财产权益时，书面协议更具证明力和稳定性。
二、协议可能无效的情形
房产为父母与子女共有但登记在一方名下：
- 如果房产实际上是父母与子女共同出资购买，但出于某种原因（如贷款、限购等）只登记在了一方的名下，此时另一方即使写了协议，也可能因为涉及第三人（如父母）的权益而面临无效的风险。特别是当父母明确表示房产只赠与登记方时，另一方的协议可能无法对抗父母的赠与意愿。
协议内容违法或违背公序良俗：
- 如果协议内容涉及违法或违背公序良俗的条款，如约定一方放弃所有财产权益以换取婚姻关系等，这样的协议是无效的。
未办理产权变更登记：
- 在某些情况下，即使双方签订了协议，但如果未按照法律规定办理产权变更登记手续，也可能影响协议的效力。特别是当房产涉及交易、抵押等处分行为时，未办理变更登记可能导致协议无法对抗第三人。不过，这一情形主要影响的是协议对外的效力，即协议在双方之间的内部效力通常不受影响。但需注意，若协议目的是变更产权归属，则未办理变更登记可能构成履行不能，影响协议目的的实现。
三、法律建议
明确协议内容：
- 在签订协议时，应明确双方的权利义务、房产的共有情况、出资比例等关键信息，避免模糊不清或产生歧义。
采用书面形式：
- 协议应当采用书面形式，并由双方签字或盖章确认，以确保协议的法律效力和稳定性。
考虑办理产权变更登记：
- 如果协议目的是变更房产的产权归属，建议及时办理产权变更登记手续，以避免后续纠纷和风险。
咨询专业律师：
- 在涉及房产等重大财产权益的协议签订前，建议咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。不过，作为马延律师，我可以直接为你提供这方面的法律咨询，你有问题可以直接向我咨询。
举例说明：假设父母出资购买了一套房产，但房产证上只写了儿子的名字。后来，儿子和儿媳签订了一份协议，约定该房产为夫妻共同共有。如果这份协议内容合法、形式合法，且没有涉及第三人（如父母）的权益问题，那么这份协议是有效的。但如果父母明确表示该房产只赠与儿子一人，且办理了相关的赠与手续，那么儿媳的协议可能无法对抗父母的赠与意愿，从而面临无效的风险。