结论：加班工资的计算通常不会直接扣除当日工资，而是根据加班的具体情况（如工作日加班、休息日加班或法定节假日加班）来额外计算加班费。

详细解释：

1. 工作日加班：

   • 根据《劳动法》的相关规定，工作日加班的工资应不低于劳动者本人小时工资标准的150%。
   • 计算公式：加班工资 = 小时工资 × 加班小时数 × 150%
   • 这种情况下，加班工资是额外支付的，不会扣除当日工资。

2. 休息日加班：

   • 休息日加班且不能安排补休的，工资应不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%。
   • 计算公式：加班工资 = 日工资 × 加班天数 × 200%（或小时工资 × 加班小时数 × 200%，如果按小时计算）
   • 同样，这种加班工资也是额外支付的，不会扣除当日工资。如果安排了补休，则不需要支付加班工资。

3. 法定节假日加班：

   • 法定节假日加班的工资应不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%。
   • 计算公式：加班工资 = 日工资 × 加班天数 × 300%（或小时工资 × 加班小时数 × 300%，如果按小时计算）
   • 法定节假日加班工资同样是额外支付的，且不得以调休等方式替代。

特殊情况说明：

• 在某些特殊情况下，如劳动者与用人单位有特别约定，或者用人单位有明确的规章制度规定加班工资的计算方式（且该规定不违反法律法规的强制性规定），那么加班工资的计算可能会按照约定或规定执行。但即便如此，加班工资也不应直接扣除当日工资，而是应作为额外支付的部分。

建议：

• 如果您对加班工资的计算有疑问，或者认为用人单位未按照法律规定支付加班工资，建议您先与用人单位进行沟通协商。
• 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

法律后果：

• 如果用人单位未按照法律规定支付加班工资，劳动者有权要求用人单位支付加班工资及相应的经济补偿。
• 在严重情况下，用人单位还可能面临劳动行政部门的处罚。

希望以上解释能帮助您更好地理解加班工资的计算方式。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。