结论：法院一般会认可格式条款合同中“如有纠纷协商不成，乙方可向甲方所在地法院起诉”的约定，但该约定需满足一定条件，且存在一些例外情况。

分析说明：

1. 约定管辖的合法性：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”
   • 在格式条款合同中，双方约定“如有纠纷协商不成，乙方可向甲方所在地法院起诉”，这属于双方对管辖法院的书面协议选择，且甲方所在地通常与争议有实际联系（如合同签订地、被告住所地等），因此该约定在一般情况下是合法的。

2. 格式条款的效力：

   • 格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。
   • 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十六条：“格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提示对方注意免除或者减轻其责任等与对方有重大利害关系的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。提供格式条款的一方未履行提示或者说明义务，致使对方没有注意或者理解与其有重大利害关系的条款的，对方可以主张该条款不成为合同的内容。”
   • 如果甲方作为提供格式条款的一方，未履行提示或说明义务，导致乙方没有注意或理解该管辖条款，乙方可以主张该条款不成为合同的内容。但通常情况下，如果甲方在合同中以合理方式（如加粗、下划线等）提示了该条款，且乙方在签订合同时未提出异议，则该条款应被视为有效。

3. 例外情况：

   • 如果该约定违反了级别管辖或专属管辖的规定，则该约定无效。例如，如果纠纷应由中级人民法院管辖，但双方约定由基层人民法院管辖，则该约定无效。
   • 如果双方在合同签订后，通过书面协议变更了管辖法院，则应以变更后的约定为准。

行动建议：

• 对于甲方：在拟定格式条款合同时，应确保管辖条款的合法性，并以合理方式提示乙方注意该条款。同时，应保留好提示和说明的证据，以备不时之需。
• 对于乙方：在签订格式条款合同时，应仔细阅读合同条款，特别是管辖条款。如果对该条款有异议或不明白其含义，应及时向甲方提出并要求解释。如果认为该条款不公平或不合理，可以考虑不签订该合同或寻求法律帮助。

后续思考依据：

• 在实际诉讼中，法院会综合考虑双方当事人的陈述、合同条款、相关法律法规等因素来判定管辖条款的效力。
• 如果双方对管辖条款的效力存在争议，可以通过诉讼或仲裁等方式解决。在此过程中，双方应提供充分的证据来支持自己的主张。

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