结论：法院驳回对方合同中“如有纠纷协商不成，可向甲方所在地法院起诉”这一条款的情况较为复杂，通常不会直接驳回整个合同，而是可能基于特定理由认定该管辖条款无效或不适用于当前案件。以下从多个角度进行分析：
一、管辖条款无效的情形
违反级别管辖和专属管辖：
- 如果合同中的管辖条款违反了法律规定的级别管辖（如本应由基层法院管辖的案件约定由中级法院管辖）或专属管辖（如不动产纠纷应由不动产所在地法院管辖），则该条款无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”
格式条款无效：
- 如果该管辖条款是合同中的格式条款，且甲方未尽到提示或者说明义务，导致对方在订立合同时未注意或者理解与其有重大利害关系的条款，对方可以主张该条款不成为合同的内容。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百九十六条：“格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。……提供格式条款的一方未履行提示或者说明义务，致使对方没有注意或者理解与其有重大利害关系的条款的，对方可以主张该条款不成为合同的内容。”
无权处分或超越权限：
- 如果签订合同的一方（如甲方）在签订合同时无权处分或超越了其权限，导致管辖条款无效，法院可能不会依据该条款确定管辖。
- 示例：若甲方是某公司的员工，未经公司授权擅自以公司名义签订合同并约定管辖条款，公司事后不予追认，则该管辖条款可能无效。
二、法院可能的处理方式
认定管辖条款无效：
- 法院在审查案件时，如果发现管辖条款存在上述无效情形，会认定该条款无效，并依据法定管辖原则（如被告住所地、合同履行地等）确定管辖法院。
不直接驳回合同，而是确定实际管辖法院：
- 法院通常不会直接驳回整个合同，而是会基于案件事实和法律规定，确定实际应管辖的法院。即使管辖条款无效，合同的其他部分仍然有效，双方应继续履行合同义务（除与纠纷解决相关的部分外）。
三、建议与注意事项
审查合同条款：
- 在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是管辖条款，确保其合法有效且符合双方利益。
及时提出异议：
- 如果一方认为管辖条款无效或不适用于当前案件，应在答辩期内及时向法院提出管辖权异议，并提供相关证据支持其主张。
寻求专业法律帮助：
- 合同纠纷往往涉及复杂的法律问题，建议双方在发生纠纷时及时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自身权益。
总结：法院驳回对方合同中“如有纠纷协商不成，可向甲方所在地法院起诉”这一条款的情况通常基于特定理由，如违反级别管辖和专属管辖、格式条款无效或无权处分等。在处理此类纠纷时，建议双方仔细审查合同条款、及时提出异议并寻求专业法律帮助。如果你有具体的合同纠纷问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。