结论：在双方为合作关系而非劳动合同关系的情况下，是否可以收取押金需根据合作协议的具体内容、押金性质及法律规定综合判断，一般情况下法律未明确禁止合作中收取押金，但需注意押金条款的合法性及合理性。以下从不同角度详细分析：

一、合作协议中押金条款的合法性基础

1. 意思自治原则
   根据《民法典》第四百六十五条，合作双方作为平等的民事主体，有权通过协商在合作协议中约定押金条款，只要该条款不违反法律、行政法规的强制性规定（如《民法典》第一百五十三条），即具有法律效力。
   示例：若合作协议约定“乙方需向甲方支付5万元押金作为履约保障，合作期满且无违约行为时全额退还”，此类条款通常合法有效。

2. 押金性质需明确

   • 履约保证金：若押金用于担保合作方履行合同义务（如按时完成工作、不泄露商业秘密等），属于合法担保方式，但需在协议中明确约定押金用途、退还条件及违约责任。
     
   • 预付款或定金：若押金被约定为预付款或定金，则需适用《民法典》中关于定金的规定（如定金数额不得超过主合同标的额的20%），否则可能因超出法定限额被认定无效。

二、需注意的法律风险及限制

1. 押金数额的合理性
   即使法律未明确限制合作押金的上限，但押金数额应与合作风险、对方履约能力相匹配。若押金过高（如超过合作总金额的50%），可能被法院认定为“显失公平”而调整或撤销。

2. 押金退还规则

   • 协议中应明确押金退还的条件、时间及方式（如无息退还、扣除违约金后退还等）。
     
   • 若合作方未违约，押金必须全额退还；若存在违约行为，押金扣除部分需有明确依据（如实际损失金额），否则可能因“以押金形式变相收取违约金”被认定无效。

3. 禁止非法目的
   押金条款不得用于非法目的（如限制对方解除合同的权利、强制对方接受不合理条件等），否则可能因违反《民法典》第一百五十三条被认定无效。

三、实践建议

1. 明确协议条款
   在合作协议中详细约定押金性质、数额、退还规则及违约责任，避免使用模糊表述（如“押金根据情况退还”）。

2. 保留交付凭证
   押金交付时，建议通过银行转账并备注“合作押金”，避免现金交付无凭证的风险。

3. 合法处理违约
   若合作方违约，需通过协商或诉讼主张权利，而非直接扣留押金。若需扣除押金，应提供损失证明（如发票、合同等），否则可能面临返还押金及赔偿的风险。

总结：合作中收取押金本身不违法，但需通过合法协议明确条款、合理设定数额、规范退还规则。若您需进一步审查合作协议或处理押金纠纷，可直接向我咨询具体方案。