合同由总公司签订，付款给分公司在符合一定条件下是合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

从合同相对性和履行角度

1. 合同相对性原则：合同是总公司与其他主体签订的，原则上应由总公司来履行付款义务，收款方也应当是合同中约定的相对方。若合同未明确约定或未经对方书面同意，直接付款给分公司可能构成违约。
2. 存在约定的情况：如果合同中明确约定可以将款项支付给分公司，或者经过合同相对方的书面同意，那么这种付款行为就是合法有效的。例如，在大型集团公司之间的采购合同中，常常会有此类约定，只要双方的真实意思表示且不违反法律法规，即为合法。

从分公司的法律地位角度

1. 分公司的经营能力：分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但在总公司的授权范围内可以从事经营活动，包括签订合同、收取款项等。如果分公司的经营活动与合同相关，且总公司有相应的授权或安排，那么付款给分公司是合法的。
2. 总公司对分公司的管理和责任承担：总公司对分公司的债务承担最终的法律责任。因此，即使款项支付给了分公司，总公司仍需承担相应的责任。从责任承担的角度看，公司签合同付款给分公司，只要符合规定和约定，就是合法的。

从财务和税务角度

1. 财务规范：公司付款给分公司需要有合理的依据和规范的财务流程，包括付款凭证、审批手续等，以确保资金流向清晰、合理。缺乏财务规范可能导致账目混乱和财务风险。
2. 税务合规：付款给分公司可能涉及税务问题，如企业所得税的分配和缴纳等。应确保操作符合税务法规的要求，避免税务风险。特别是跨地区付款时，更需注意税务合规性。

其他考虑因素

1. 分公司资质：如果分公司拥有独立的营业执照和银行账户，通常可以直接接收付款。如果没有这些资质，则可能需要通过总公司进行操作。
2. 内部约定：总公司和分公司之间应有明确的内部约定，界定各自的权利和义务，特别是关于付款责任的划分。这有助于避免未来可能出现的纠纷。

实际操作建议

1. 合同约定：在合同中详细约定付款条件、方式、时间以及违约责任等条款，特别是要明确是否可以付款给分公司，并获取合同相对方的书面确认。
2. 遵守公司章程：确保付款行为符合公司章程和相关内部规定，避免内部管理风险。
3. 税务咨询：在付款前咨询专业税务顾问，确保付款行为符合税法规定，避免税务风险。
4. 财务记录：保持准确、完整的财务记录，包括付款凭证、审批手续等，以备监管机构审查。

综上所述，合同由总公司签订并付款给分公司在符合一定条件下是合法的。但为了确保合法性和避免潜在风险，建议在实际操作中谨慎处理，并遵循上述建议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。