针对您提出的“工商登记查不到还在协议上盖章，协议是否有效”的问题，这主要涉及到合同成立与生效的法律判断。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确一点：合同的成立与生效并不完全依赖于工商登记。工商登记主要是用于确认企业的法律地位和经营资格，但它并不是合同成立或生效的必要条件。合同的成立主要取决于双方当事人的意思表示是否一致，即是否达成了合意。而合同的生效，则通常要求合同内容合法、不违反公序良俗，并且当事人具备相应的民事行为能力。

接下来，我们分析您提到的具体情况：

1. 协议盖章：在协议上加盖公章，通常被视为企业或组织对协议内容的认可和承诺。公章作为企业或组织的官方印鉴，具有法律效力。因此，即使工商登记查不到相关信息，但只要协议上的公章是真实有效的，且加盖公章的行为得到了企业或组织内部的合法授权，那么该协议在形式上就是有效的。

2. 工商登记查不到：这可能意味着该企业或组织尚未完成工商注册登记，或者已经注销、吊销等。然而，这并不影响已经加盖公章的协议的效力。因为合同的效力主要取决于合同本身的内容和当事人的意思表示，而不是工商登记的状态。当然，如果工商登记查不到是因为该企业或组织根本不存在，或者公章是伪造的，那么该协议就是无效的。

3. 协议内容：除了形式上的有效性外，我们还需要关注协议的内容是否合法、是否违反公序良俗、是否具备合同的主要条款等。如果协议内容合法且具备合同的主要条款，那么该协议在实质上也是有效的。

综合判断：

• 如果协议上的公章是真实有效的，且加盖公章的行为得到了企业或组织内部的合法授权；
• 同时，协议内容合法且具备合同的主要条款；
• 那么，即使工商登记查不到相关信息，该协议仍然是有效的。

建议：

• 在签订协议前，务必确认对方企业或组织的真实存在和合法性；
• 仔细审查协议内容，确保协议条款合法、明确、无歧义；
• 如果可能的话，可以要求对方提供工商登记证明或其他相关证明文件，以进一步确认其合法性和经营资格。

总之，工商登记查不到并不直接影响协议的效力。关键在于协议上的公章是否真实有效、协议内容是否合法以及当事人是否具备相应的民事行为能力。如有任何疑问或担忧，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。