工程结束后未缴纳农民工保证金，需根据具体情况采取不同处理方式，核心结论如下：

1. 若工程属于必须缴纳保证金的范畴且未缴纳
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十二条，施工总承包单位应当按照规定存储工资保证金（即农民工保证金），专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。若工程结束后发现未缴纳，可能面临以下后果及处理方式：

   • 行政处罚：劳动保障行政部门可责令限期改正；逾期不改正的，可能面临罚款（如《条例》第五十五条规定，未按规定存储工资保证金的，可处5万元以上10万元以下罚款）。
     
   • 补缴义务：即使工程已结束，施工总承包单位仍需补缴保证金，否则可能影响后续工程招投标资格或被列入失信联合惩戒名单。
     
   • 农民工工资支付责任：若因未缴纳保证金导致农民工工资被拖欠，施工总承包单位需先行清偿，之后可向建设单位追偿（依据《条例》第三十条）。

2. 若工程属于豁免缴纳保证金的情形
   根据《条例》第三十二条，以下情形可免缴保证金：

   • 工程合同金额低于一定标准（具体标准由省级政府规定）；
     
   • 施工总承包单位在工程所在地连续3年未发生工资拖欠，且按要求落实实名制管理、工资专用账户等制度；
     
   • 其他省级政府规定的豁免情形。
     处理建议：若符合豁免条件，施工总承包单位可向劳动保障行政部门提交证明材料（如无拖欠工资记录、实名制管理台账等），申请免缴或退还已缴纳的保证金。

3. 若因未缴纳保证金引发纠纷

   • 农民工维权路径：农民工可向劳动保障监察部门投诉，或通过劳动争议仲裁、诉讼主张工资及赔偿金。
     
   • 建设单位责任：若建设单位未按合同约定及时拨付工程款导致工资拖欠，需在未拨付金额范围内承担先行清偿责任（《条例》第三十条）。
     
   • 分包单位责任：专业分包或劳务分包单位拖欠工资的，由施工总承包单位先行清偿，之后可向分包单位追偿。

行动建议：

• 立即核查工程是否属于必须缴纳保证金的范畴，以及当地具体规定（如合同金额门槛、豁免条件等）；
  
• 若未缴纳且不符合豁免条件，尽快补缴并完善工资支付保障制度，避免行政处罚及信用风险；
  
• 若已因未缴纳引发纠纷，建议委托律师介入，通过协商、调解或诉讼解决，同时准备工程合同、工资发放记录等证据。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或证据准备要点。