当员工因不能胜任工作而被辞退时，赔偿问题确实是一个需要细致考虑和依据相关法律法规来处理的事项。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据与基本原则
首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工因不能胜任工作被辞退时，用人单位需要遵循一定的法律程序，并可能需要支付相应的经济补偿。这体现了法律对劳动者权益的保护，也要求用人单位在解除劳动合同时必须合法、合规。
二、赔偿的具体情况与标准
试用期内的解除：
- 如果员工在试用期内被证明不符合录用条件，包括不能胜任工作且经过培训或调整工作岗位仍不能胜任的情况，用人单位可以辞退劳动者而无需支付经济补偿金。但这一判定必须基于充分的证据和合理的评估。
试用期外的解除：
- 对于过了试用期的员工，如果其不能胜任工作，且经过培训或者调整工作岗位仍不能胜任，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同。
- 在此情况下，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿的标准是按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
违法解除的情况：
- 如果用人单位无法证明劳动者不能胜任工作，或者未对不能胜任工作的劳动者进行培训或调整工作岗位，就直接以不能胜任工作为由辞退员工，这构成违法解除劳动合同。
- 在这种情况下，用人单位应依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
三、赔偿流程与注意事项
协商沟通：
- 在被辞退前，用人单位应与员工进行充分沟通，明确不能胜任岗位的具体原因，并尝试提供培训或调岗机会。员工也应积极配合，努力提升自身能力。
签订协议：
- 双方就赔偿事宜达成一致后，应签订书面的解除劳动合同协议书，明确赔偿金额、支付方式及时间等条款。这份协议书应具有法律效力，双方应妥善保管。
办理离职手续：
- 员工应按照用人单位的要求办理离职手续，包括交接工作、归还公司财物等。用人单位则应在员工办理完离职手续后，及时支付赔偿金额。
保留证据：
- 员工应保留好与用人单位签订的劳动合同、工资条、考勤记录等证据材料。这些证据在发生争议时将起到关键作用，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。
四、实际案例分析
以具体案例来说明：假设员工小张在某公司工作了2年零8个月，月平均工资为7000元。若公司以小张不能胜任工作且经过培训后仍不能胜任为由合法解除劳动合同，则需向小张支付3个月工资的经济补偿，即21000元。若公司未提前三十日书面通知，还需额外支付一个月工资7000元。而如果公司无任何证据证明小张不能胜任工作就直接将其辞退，则属于违法解除劳动合同，应向小张支付赔偿金，即经济补偿的二倍，为42000元。
综上所述，员工因不能胜任工作被辞退时的赔偿问题需根据具体情况判断。建议面临此类情况的劳动者和用人单位都咨询专业法律人士以获取准确的法律意见和帮助，确保双方的权益都得到妥善保护。