当员工因不能胜任工作而被辞退时，赔偿问题主要依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定来处理。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第四十条：
- 劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位在提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条：
- 用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。
二、赔偿标准
经济补偿金：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
代通知金（如适用）：
- 如果用人单位选择额外支付劳动者一个月工资以替代提前三十日书面通知，则需支付代通知金。
- 代通知金的金额通常为劳动者上一个月的工资标准。
三、赔偿流程与注意事项
证明不能胜任工作：
- 用人单位需提供客观、充分的证据证明员工未达到工作标准，如绩效考核记录、工作失误造成的损失数据等。
培训与调岗：
- 在辞退前，用人单位应尝试为员工提供培训或调整工作岗位的机会，以帮助员工提升能力或适应新岗位。
- 培训内容应与员工不能胜任的工作相关，调岗应合理且与员工原工作有一定关联性。
再次证明与法定程序：
- 经过培训或调岗后，用人单位需再次证明员工仍不能胜任工作。
- 提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或额外支付一个月工资（代通知金），并明确说明解除劳动合同的原因、依据及离职时间。
协商沟通与签订协议：
- 在被辞退前，用人单位应与员工进行充分沟通，明确不能胜任岗位的具体原因，并就赔偿事宜达成一致。
- 双方应签订书面的解除劳动合同协议书，明确赔偿金额、支付方式及时间等条款。
办理离职手续与保留证据：
- 员工应按照用人单位的要求办理离职手续，包括交接工作、归还公司财物等。
- 员工应保留好与用人单位签订的劳动合同、工资条、考勤记录等证据材料，以备不时之需。
四、法律责任
- 如果用人单位未严格按照法律规定程序和条件辞退员工，则构成违法解除劳动合同。此时，员工有权要求用人单位支付赔偿金，标准为经济补偿的二倍。
综上所述，当员工因不能胜任工作而被辞退时，用人单位需遵循相关法律法规，确保辞退的合法性和合理性，并按照规定的赔偿标准向员工支付经济补偿金或代通知金。同时，双方应保持充分沟通，签订书面协议，并妥善办理离职手续和保留相关证据。