当员工遇到单位制定不合理制度的情况时，可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：
一、了解相关法律法规
首先，员工需要了解《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规。这些法律明确规定了用人单位制定的规章制度必须合法、合规，不得侵犯劳动者的合法权益。如果单位制定的制度违反了法律、法规的规定，那么该制度是无效的，员工有权拒绝执行。
二、与单位进行沟通协商
在发现单位制度不合理后，员工可以尝试与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商。在沟通过程中，员工可以明确指出制度中不合理或违法的部分，并提出自己的意见和建议。通过友好协商，有时可以促使单位对制度进行修改或完善。
三、向劳动保障行政部门投诉
如果与单位沟通协商无果，员工可以向当地的劳动保障行政部门进行投诉。根据《劳动保障监察条例》第九条的规定，任何组织或者个人对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为，都有权向劳动保障行政部门举报。劳动保障行政部门在接到投诉后，会进行调查核实，并根据情况给予单位警告、责令改正等行政处罚。
四、申请劳动争议调解或仲裁
如果员工认为单位的制度已经严重侵犯了自己的劳动保障合法权益，且无法通过沟通协商或投诉解决，那么员工可以向调解组织申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条的规定，发生劳动争议后，当事人可以通过调解、仲裁或诉讼等方式解决。
五、寻求法律援助或提起诉讼
在仲裁裁决后，如果员工对裁决结果不服，还可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工可以寻求法律援助或聘请律师来维护自己的合法权益。法院会根据事实和法律进行判决，确保员工的合法权益得到保障。
六、注意事项
总之，当员工遇到单位制定不合理制度的情况时，应积极维护自己的合法权益。通过了解相关法律法规、与单位沟通协商、向劳动保障行政部门投诉、申请劳动争议调解或仲裁以及寻求法律援助或提起诉讼等途径，员工可以有效地解决这一问题。