结论前置：劳动仲裁的被申请人通常是总公司，但根据具体情况，分公司也可能成为共同被申请人或单独被申请人。以下分情况详细说明：

1. 劳动合同与社保、工资主体不一致的法律关系
   根据《劳动合同法》第十条，劳动合同是确立劳动关系的核心依据。若您与总公司签订劳动合同，则劳动关系主体为总公司，即使社保和工资由分公司代为缴纳，也不改变劳动关系归属。此时，劳动仲裁的被申请人原则上应为总公司。

2. 分公司可能成为被申请人的例外情形

   • 分公司独立承担责任：若分公司具备独立营业执照、独立核算且能独立承担民事责任（如分公司以自己名义签订合同、发放工资并缴纳社保），则分公司可能被认定为实际用人单位。此时，您可将总公司和分公司列为共同被申请人，或根据仲裁请求选择单独起诉分公司。
     
   • 总公司授权分公司管理：若总公司明确授权分公司代为管理人事、财务等事务（如通过书面协议约定分公司负责工资发放和社保缴纳），且分公司实际履行了用人单位义务（如考勤管理、绩效考核等），则分公司可能被认定为“实际用工单位”。此时，仲裁机构可能根据“谁用工、谁负责”原则，要求分公司承担部分或全部责任。

3. 实务建议

   • 证据收集：重点收集以下证据：
     
     • 劳动合同（明确签约主体为总公司）；
       
     • 工资发放记录（显示分公司账户或分公司名称）；
       
     • 社保缴纳记录（显示分公司为缴费单位）；
       
     • 工作证、考勤记录、工作邮件等（证明实际工作地点和内容）；
       
     • 总公司与分公司的关联证明（如工商登记信息、授权文件等）。
       
   • 仲裁策略：
     
     • 若主张总公司承担责任，以劳动合同为依据，要求总公司履行义务（如补缴社保、支付工资等）；
       
     • 若主张分公司承担责任，需证明分公司实际行使了用人单位权利（如招聘、解雇、管理等）；
       
     • 为降低风险，可同时将总公司和分公司列为被申请人，要求承担连带责任。

4. 法律依据

   • 《劳动合同法》第十条：建立劳动关系应当订立书面劳动合同，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致后签订。
     
   • 《公司法》第十四条：分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担；但分公司若具备独立财产和经营能力，可能在实际操作中被认定为“实际用工单位”。
     
   • 《劳动争议调解仲裁法》第二十二条：发生劳动争议的劳动者和用人单位为劳动争议仲裁案件的双方当事人。劳务派遣单位或者用工单位与劳动者发生劳动争议的，劳务派遣单位和用工单位为共同当事人。

总结：劳动关系主体以劳动合同为准，但实际用工情况可能影响被申请人认定。建议您根据证据情况选择策略，必要时委托律师协助梳理证据链和仲裁请求。如有进一步疑问，可直接向我咨询。