结论：双方协议撤销合同后，是否能起诉取决于具体情况，包括协议是否存在瑕疵、对解除协议的履行或违约责任是否存在争议、协议是否涵盖所有争议事项、协议中是否明确排除起诉权以及是否超过诉讼时效等。以下是对这些情况的详细分析：
可以起诉的情形
协议撤销存在瑕疵：
- 如果在协议撤销合同的过程中存在欺诈、胁迫、重大误解、显失公平等可撤销事由，受损害方有权在法定期间内向法院起诉，请求撤销该撤销协议，并可能要求恢复合同关系或寻求其他法律救济。例如，一方故意隐瞒重要事实导致对方在违背真实意思的情况下签订了撤销协议，受欺诈方可以依法起诉撤销。
- 若撤销协议本身存在无效情形，如违反法律法规的强制性规定、损害国家利益、恶意串通损害第三人利益等，当事人也可以向法院起诉，请求确认撤销协议无效，并主张合同继续有效或寻求其他法律救济。
对撤销协议的履行或违约责任存在争议：
- 双方虽然达成了撤销合同的协议，但对于协议中的撤销条件、补偿方式、后续义务履行（如保密义务、协助办理相关手续等）或违约责任等事项存在分歧，且协商不成时，任何一方都可以向法院起诉，要求对方履行协议约定的义务或承担违约责任。
- 如果一方未按照撤销协议的约定支付补偿金或其他款项，另一方有权起诉要求其履行支付义务。
协议未涵盖所有争议事项：
- 合同撤销协议可能仅对主要的合同撤销问题进行了约定，而对于一些附属问题或合同履行过程中产生的其他问题（如知识产权归属、已履行部分的质量责任等）没有涉及。当这些未涉及的问题引发争议时，当事人可以向法院起诉，寻求合理的解决方案。
协议中未明确排除起诉权：
- 如果双方协议撤销合同，但协议中并未明确排除起诉的权利，那么因履行撤销协议产生争议时，当事人仍有权向法院提起诉讼。
一方违约导致合同撤销并造成损失：
- 如果合同撤销是由于一方当事人的违约行为导致，且该违约行为给对方造成了实际损失，受害方在合同撤销后仍有权依据法律规定向法院提起诉讼，要求违约方承担损害赔偿责任。
不可以起诉的情形
双方协商一致且无争议：
- 如果合同是基于双方协商一致而撤销，且协议中已经对撤销事宜进行了全面、明确的约定，双方对撤销事宜没有产生新的争议，那么一般情况下不得再就原合同争议提起诉讼。
协议中明确约定不得起诉：
- 如果双方协议撤销合同时，明确约定了撤销后不得再就协议相关事宜提起诉讼，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么通常情况下就不能再起诉。
超过诉讼时效：
- 根据法律规定，当事人应当在一定的时效期间内行使自己的权利。如果超过了法定的诉讼时效期间，当事人可能会丧失胜诉权，即即使存在可以起诉的情形，也可能无法得到法院的支持。
建议：在面临此类问题时，建议你首先仔细审查双方签订的撤销协议，明确协议中的各项条款和约定。如果协议中存在瑕疵或争议事项，或者你对协议的履行或违约责任有异议，可以考虑向法院提起诉讼。同时，也要注意诉讼时效的问题，确保在法定期间内行使自己的权利。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。