结论：加班单上写九点半下班但打卡早了是否会扣钱，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了加班时间的计算方式，并且明确指出打卡时间作为加班时间的唯一依据，那么即使加班单上写的是九点半下班，但员工提前打卡，公司可能会根据规章制度扣除相应的加班费或视为未完成加班任务。
   • 反之，如果公司的规章制度中并未明确规定打卡时间作为加班时间的唯一依据，或者允许员工在加班任务完成后提前打卡，那么公司就不应仅凭打卡时间来扣除加班费。

2. 劳动合同的角度：

   • 劳动合同是员工与公司之间约定权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确规定了加班时间的计算方式和加班费的支付标准，并且这些规定与公司的规章制度相一致，那么公司应按照劳动合同的约定来执行。
   • 如果劳动合同中并未明确规定加班时间的计算方式，或者规定与公司的规章制度存在冲突，那么应根据实际情况和公平原则来协商解决。

3. 实际操作的角度：

   • 在实际操作中，有些公司可能会采用灵活的加班管理方式，允许员工在加班任务完成后提前打卡，并根据实际加班时间来支付加班费。
   • 但也有一些公司可能较为严格，要求员工必须按照加班单上的时间打卡，否则将扣除加班费或视为旷工。

建议：

• 作为员工，在加班前应仔细了解公司的规章制度和劳动合同中的相关约定，明确加班时间的计算方式和加班费的支付标准。
• 如果对公司的规章制度或劳动合同中的约定存在疑问或不满，应及时与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，以维护自己的合法权益。
• 如果公司确实存在不合理扣除加班费的情况，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。

可能后果：

• 如果公司违反规章制度或劳动合同中的约定扣除加班费，员工有权要求公司补发加班费并可能获得相应的赔偿。
• 如果员工因提前打卡而被公司视为旷工或未完成加班任务而受到处罚，员工也有权根据实际情况和公平原则与公司进行协商或寻求法律援助。

总之，加班单上写九点半下班但打卡早了是否会扣钱，需要综合考虑公司的规章制度、劳动合同中的约定以及实际操作情况。如有任何疑问或不满，建议及时与公司沟通协商或寻求法律援助。