结论：早打卡一次是否扣工资，不能一概而论，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度角度：

   • 合法有效的规章制度：若公司规章制度中明确规定了早打卡与工资扣除的关联，且该规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论）、已公示或告知劳动者，同时内容不违反法律、行政法规及政策规定，则公司有权依据规章制度对早打卡缺失的员工进行工资扣除。但扣除的工资比例或金额需合理，不得超出法定限度。
   • 规章制度不合法或未公示：若公司规章制度未经过民主程序制定、未公示或告知劳动者，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，则该规章制度对劳动者不具有约束力。此时，公司无权仅凭早打卡缺失就扣除员工工资。

2. 劳动合同角度：

   • 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了早打卡与工资扣除的条款，且该条款不违反法律、行政法规及政策规定，则公司有权依据劳动合同对早打卡缺失的员工进行工资扣除。但同样，扣除的工资比例或金额需合理。
   • 劳动合同未约定：若劳动合同中未约定早打卡与工资扣除的条款，则公司无权仅凭早打卡缺失就扣除员工工资。此时，公司应通过其他合法方式（如警告、罚款等，但需符合法律法规规定）对员工进行管理。

3. 相关法律法规角度：

   • 《工资支付暂行规定》：该规定第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。然而，此条款适用于劳动者给用人单位造成经济损失的情况，早打卡缺失并不直接等同于给用人单位造成经济损失。
   • 地方性法规：不同地区可能有关于工资扣除的具体规定。例如，某些地区可能规定，除非劳动者因故意或重大过失给用人单位造成损失，否则用人单位不得随意扣除工资。因此，在判断早打卡一次是否扣工资时，还需考虑当地的具体法规。

建议：

• 员工角度：若公司因早打卡缺失而扣除工资，员工应首先查看公司规章制度和劳动合同中是否有相关约定。若无约定或约定不合法，员工有权拒绝扣除工资，并可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 公司角度：公司应制定合法有效的规章制度，并明确早打卡与工资扣除的关联（如有）。同时，公司应确保规章制度的公示或告知程序合法，以避免因程序问题而导致规章制度无效。在扣除工资时，公司应确保扣除的比例或金额合理，并符合相关法律法规的规定。

可能后果：

• 若公司违法扣除工资，员工有权要求公司补发工资，并可能获得相应的经济补偿。
• 若员工因早打卡缺失给公司造成实际损失，且公司能证明损失与早打卡缺失之间的因果关系，则公司有权要求员工赔偿损失，但赔偿方式需符合法律法规的规定。