结论：加班打卡超过2分钟是否扣半小时工资，需结合公司规章制度、劳动合同及地方性法规综合判断，不能一概而论。具体分析如下：

1. 公司规章制度是核心依据

• 若公司《员工手册》或《考勤管理制度》明确规定“加班打卡超时按半小时扣减工资”，且该制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）、公示告知（如培训签收、系统公告），则可能被认定为有效。
• 例外情形：若制度内容显失公平（如“超时1分钟扣半小时”）、未履行法定程序，或与劳动合同约定冲突，员工可主张制度无效。

2. 劳动合同的优先效力

• 若劳动合同中明确约定“加班打卡超时处理方式”，且该条款不违反法律强制性规定（如最低工资标准），则以合同约定为准。
• 注意：根据《劳动合同法》第26条，若合同条款存在“免除用人单位法定责任、排除劳动者权利”的情形（如无偿扣减工资），该条款可能被认定无效。

3. 地方性法规的特殊规定

• 部分地区对加班工资计算有细化规定。例如：
  • 北京：要求加班工资按实际加班时间计算，不得拆分扣减；
  • 上海：明确禁止用人单位以“迟到、早退”为由克扣加班工资。
• 建议：员工可查询当地《工资支付条例》或人社部门解读，确认公司行为是否合规。

4. 违法扣减的法律后果

• 若公司行为违反《工资支付暂行规定》第15条（“不得克扣劳动者工资”），员工可：
  1. 要求补发工资：通过劳动监察投诉或申请劳动仲裁；
  2. 主张经济补偿：若以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，可要求公司支付经济补偿金（N倍月工资）。

行动建议

1. 核查依据：要求公司提供制度依据及民主程序证明；
2. 保留证据：保存打卡记录、工资条、制度文件等；
3. 协商或投诉：优先与公司协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请仲裁。

如有进一步疑问，可直接向我提问，我将结合具体案例为您详细分析。