结论：底薪3000元、绩效1000元的工资结构本身并不违法，但具体是否合法还需结合绩效考核标准、工资支付方式以及是否符合最低工资标准等因素来综合判断。

详细分析：

1. 工资结构的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十七条，用人单位有权依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。这意味着，企业可以设定底薪和绩效工资的组合，只要这种组合不违反法律法规的强制性规定。
   • 在您提供的案例中，底薪3000元、绩效1000元的工资结构，从数额上看，并不直接违反任何法律法规。然而，关键在于绩效考核标准的合理性和透明度，以及绩效工资的支付方式是否合法。

2. 绩效考核标准的合理性：

   • 绩效考核标准应当公平、合理，且明确告知劳动者。如果绩效考核标准过于苛刻或模糊不清，导致劳动者难以达到绩效标准，从而无法获得全额绩效工资，这可能构成变相克扣工资，违反劳动法律法规。
   • 因此，企业在设定绩效考核标准时，应确保标准的合理性、透明度和可操作性，以便劳动者能够明确了解并努力达到。

3. 工资支付方式的合法性：

   • 绩效工资的支付方式也需符合法律法规的规定。例如，企业不得以非货币形式支付绩效工资，也不得在劳动者未达到绩效标准时，完全扣除绩效工资而不支付任何报酬。
   • 在您提供的案例中，如果劳动者达到或超过绩效标准，应全额获得1000元的绩效工资；如果未达到绩效标准，企业应根据实际完成情况按比例发放绩效工资，而不是完全扣除。

4. 最低工资标准的考量：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。因此，在设定底薪和绩效工资时，企业应确保劳动者的实际工资（包括底薪和绩效工资）不低于当地最低工资标准。
   • 如果底薪3000元加上绩效工资（即使未完全达标）后，劳动者的实际工资仍低于当地最低工资标准，那么这种工资结构就是违法的。

其他注意事项：

• 实际工资可能会受到税收、社保、公积金等法定扣减项的影响。因此，在计算实际工资时，应将这些扣减项考虑在内。
• 如果劳动者对工资结构或绩效考核标准有疑问或不满，应及时与企业沟通协商，或向当地劳动监察部门投诉举报。

总结与建议：

底薪3000元、绩效1000元的工资结构本身并不违法，但具体是否合法还需结合绩效考核标准的合理性、工资支付方式的合法性以及是否符合最低工资标准等因素来综合判断。作为劳动者，您应了解自身的权益和公司的考核要求，以便更好地规划自己的职业发展。如果您对工资结构或绩效考核标准有疑问或不满，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。