结论：公司从工资三千中扣除200元是否合法，需根据扣除的具体原因和性质来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 法定扣除情况：

   • 社保与公积金：根据《中华人民共和国社会保险法》和《住房公积金管理条例》，公司有权从员工工资中扣除个人应缴纳的社会保险费和住房公积金。若扣除的200元属于此类法定扣除，且扣除比例和金额符合当地政策规定，则是合法的。
   • 个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》，公司作为扣缴义务人，需从员工工资中代扣代缴个人所得税。若扣除的200元为个人所得税，且计算方式和金额正确，也是合法的。

2. 约定扣除情况：

   • 劳动合同或规章制度约定：若公司与员工在劳动合同中明确约定，或公司规章制度中规定，在特定情况下（如迟到、早退、旷工、损坏公司财物等）可从工资中扣除一定金额作为罚款或赔偿，且该约定或规定不违反法律法规的强制性规定，那么扣除200元可能是合法的。但需注意，此类扣除需有合理依据，且扣除金额应合理，不能过度剥夺员工的劳动报酬。
   • 员工同意：若员工在知晓扣除原因和金额的情况下，明确表示同意从工资中扣除200元，那么这种扣除也是合法的。

3. 非法扣除情况：

   • 无合法依据扣除：若公司扣除200元没有合法依据，如未经员工同意擅自扣除、扣除原因不合法或不合理等，则这种扣除是违法的。
   • 扣除金额超过法定限制：根据《工资支付暂行规定》，因员工本人原因给公司造成经济损失的，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除200元后，员工当月工资低于当地最低工资标准，则公司扣除的金额就超过了法定限制，是违法的。

具体计算与判断：

• 假设员工当月工资为3000元，当地最低工资标准为2000元。
• 若扣除200元为社保与公积金或个人所得税，且计算方式和金额正确，则合法。
• 若扣除200元为约定扣除，且扣除原因合法合理，员工同意或劳动合同/规章制度有明确规定，则合法。但需注意扣除后工资不得低于最低工资标准，即扣除后工资应≥2000元，此情况下扣除200元合法。
• 若扣除200元无合法依据或扣除金额超过法定限制（如扣除后工资低于2000元），则违法。

建议：

• 若您对扣除原因有疑问或认为扣除不合法，可与公司沟通协商，要求公司提供扣除的合法依据和计算方式。
• 若沟通无果，您可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

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