结论：在破产重整期间，劳动者完全有权进行劳动仲裁，以维护自身合法权益，且该仲裁程序不会因企业进入破产重整而被阻断。
法律依据与解释
根据《中华人民共和国企业破产法》第二十条的规定：“人民法院受理破产申请后，已经开始而尚未终结的有关债务人的民事诉讼或者仲裁应当中止；在管理人接管债务人的财产后，该诉讼或者仲裁继续进行。”这一法律条款明确为劳动者在破产重整期间提起劳动仲裁提供了法律依据。即便企业已进入破产重整程序，劳动仲裁的程序性保障依旧有效，劳动者的合法权益不会因此受到影响。
保障劳动者权益的具体原因
保障劳动者基本权益：
- 在企业破产重整过程中，劳动者的基本工资、加班费、经济补偿金等劳动报酬及补偿，依据法律规定均属于优先受偿的债权。劳动仲裁能够及时、有效地确认这些债权债务关系，为劳动者提供法律上的支持和保护。
遵循法定解决途径：
- 劳动仲裁是解决劳动争议的法定途径之一，具有法律效力。无论企业在何种重组阶段，都不影响劳动者通过合法的仲裁程序来维护自身权益。在破产重整期间，如果公司存在拖欠工资、未依法支付经济补偿金等行为，员工完全有权向劳动争议仲裁委员会提起仲裁，要求公司承担相应的法律责任。
债权保护与清偿顺序：
- 在破产重整乃至最终可能的破产清算程序中，员工的工资、社保费用、经济补偿金等债权，根据法律规定，将作为优先债权得到清偿。这确保了劳动者的经济利益在法律层面得到充分的保护和实现。
实际操作建议
面对破产重整期间的劳动纠纷，劳动者可以放心地通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。具体步骤如下：
准备材料：
- 收集所有与工作关系有关的证据，如劳动合同、工资单、银行流水、加班记录等。这些证据将有助于证明你的诉求和理由。
提交仲裁申请：
- 向当地劳动争议仲裁委员会提交详细的仲裁申请书及相关证据材料。在申请书中，应清晰、准确地阐述你的诉求和事实依据。
参与仲裁过程：
- 按照仲裁委员会的安排，积极参与调解或庭审。在庭审过程中，要清晰表达自己的诉求和理由，并提供充分的证据支持。
关注后续执行：
- 若仲裁裁决支持劳动者诉求，需密切关注企业的破产重整进展。及时与管理人或法院沟通，确保裁决得到有效执行，以维护自己的合法权益。
如果在破产重整期间遇到具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律指导和支持。