结论：房屋自行改造若被认定为不合法，危房改造资金能否退回需视具体情况而定，包括改造行为的性质、资金来源、相关部门的处理决定以及是否存在过错等因素。以下从不同角度进行详细分析：

1. 改造行为的性质与资金退回

   • 合法改造：如果改造行为本身符合相关法律法规和规划要求，只是由于某些原因（如未及时办理手续）被误认为不合法，且改造资金是合法支付的，那么在补办相关手续后，资金通常不会因改造行为本身而被要求退回。
   • 非法改造：若改造行为违反了法律法规，如未经批准擅自改变房屋结构、用途等，且因此被相关部门认定为不合法，那么改造资金的处理将取决于具体情况。如果资金是用于非法改造的，且相关部门在查处时要求恢复原状或进行处罚，那么资金可能会被要求退回或用于其他合法用途（如罚款、恢复费用等）。

2. 资金来源与退回

   • 政府补贴或资助：如果危房改造资金来源于政府补贴或资助，且改造行为被认定为不合法，政府可能会根据相关规定要求退回资金。这通常涉及政府资金的监管和使用规定，以及改造行为是否符合补贴或资助的条件。
   • 个人自筹：如果改造资金是个人自筹的，且改造行为被认定为不合法，资金是否退回将取决于个人与相关部门或第三方的协商结果。如果个人愿意承担改造行为的后果，并自行恢复原状或接受处罚，那么资金可能不会被要求退回。但如果个人无法承担后果，且相关部门要求恢复原状或进行处罚，那么个人可能需要自行承担相关费用，资金可能因此被视为“损失”。

3. 相关部门的处理决定

   • 相关部门在查处不合法改造行为时，会根据具体情况作出处理决定。这些决定可能包括要求恢复原状、罚款、没收违法所得等。如果处理决定中明确要求退回改造资金，那么资金必须按照决定执行。
   • 如果个人对处理决定不服，可以通过法律途径进行申诉或诉讼。但在申诉或诉讼期间，资金的处理可能仍需按照原决定执行，除非法院作出新的判决或裁定。

4. 存在过错与责任承担

   • 如果个人在改造过程中存在过错（如故意违反法律法规、未履行相关手续等），那么个人可能需要承担相应的法律责任。这包括可能面临的罚款、没收违法所得等处罚，以及因改造行为导致的其他损失（如房屋价值下降、邻里关系恶化等）。
   • 在承担法律责任的同时，个人也可能需要承担改造资金的退回责任。这取决于相关部门的处理决定以及个人与相关部门或第三方的协商结果。

建议：

• 如果您的房屋改造行为被认定为不合法，且涉及危房改造资金的问题，建议您首先与相关部门进行沟通，了解具体的处理决定和资金退回要求。
• 同时，您可以咨询专业律师（即我本人，江克松律师，专注于刑事辩护、房产纠纷领域），了解您的法律权利和义务，以及可能的法律后果和应对策略。
• 根据沟通结果和律师建议，您可以决定是否接受处理决定、是否进行申诉或诉讼，以及如何处理改造资金的问题。

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