关于您提出的“合同中是否可以约定发票开给分公司”的问题，这确实是一个涉及公司法律关系、税务规定以及实际操作多个层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、一般原则与税务风险
在税务管理中，通常强调货物流、资金流、发票流的一致性，即“三流一致原则”。当您与总公司签订合同时，交易主体是总公司，因此理论上货物的交付（或服务的提供）、资金的收付以及发票的开具都应围绕总公司进行。如果违反这一原则，将发票开给分公司，可能会面临税务风险，被税务机关认定为虚开发票行为。
二、特定情况下的合法性探讨
尽管存在一般原则，但在特定情况下，经过合法的程序和符合相关规定，确实可以将发票开给分公司：
三方协议情形：
- 总公司、分公司以及交易对方可以签订三方补充协议，明确约定由分公司实际承担合同权利义务，包括接收发票并进行相关财务处理。
- 这种情况下，需向税务机关说明情况并获得认可，以确保税务和法律关系的清晰。
内部授权与财务规范安排：
- 总公司可以向交易对方出具授权书，授权分公司接收发票并进行相应的财务结算等工作。
- 同时，总公司和分公司内部应有完善的财务核算和资金划转制度，能够清晰反映业务实质和资金流向。
- 此操作也需与当地税务机关充分沟通，确保合规性。
合同条款与授权情况：
- 如果合同中有明确条款指定由分公司执行某些财务操作，包括开具发票，且总公司对此有授权委托，那么分公司可以合法地根据合同条款和总公司的授权开具发票。
三、实际操作建议与注意事项
真实交易原则：
- 在实际操作中，必须确保分公司与交易对方之间存在真实的交易或服务提供关系，且这种交易或服务是基于市场公允价格进行的。
- 分公司应根据交易实际情况开具发票给总公司或相关方，避免无实际交易或服务提供而仅为开票目的进行的形式操作。
税务登记与独立纳税主体：
- 分公司如果作为独立的增值税纳税主体（已办理税务登记），且实际发生了与合同相关的经营业务并收取了款项，则有权开具发票。
- 若分公司未办理税务登记，通常不能以自己的名义开具发票，此时需由总公司统一开具。
法律责任与风险防控：
- 分公司若拥有独立财产和核算体系，能独立承担民事责任，且实际履行合同并符合税务规定，则其开票行为合法有效，责任自负。
- 若分公司不具备独立承担民事责任能力，其责任由总公司承担。在税务上，分公司开票出现问题，总公司可能需负连带责任。
咨询专业机构与当地税务机关：
- 由于税务法规和地区政策可能存在差异，建议在操作前咨询专业税务机构或律师的意见，以确保合规性。
- 同时，与当地税务机关充分沟通，了解具体要求和流程，也是避免税务风险的重要步骤。
四、总结与建议
综上所述，合同中是否可以约定发票开给分公司并非一概而论，而是需要根据合同条款、总公司授权情况、实际交易发生与否以及税务法规的具体规定来综合判断。在一般情况下，应遵循合同、发票、资金三流一致的原则，以避免潜在的税务风险。在特定情况下，如需将发票开给分公司，应确保操作符合相关法律法规和税务规定，并咨询专业税务机构或律师的意见。希望这些解答能对您有所帮助。