基本农田上建住宅的查处主体是县级以上人民政府土地行政主管部门，通常是自然资源局（原国土资源局）。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条规定：“违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”基本农田属于耕地的一种特殊类型，在基本农田上建住宅属于擅自改变土地用途、破坏种植条件的行为，因此由县级以上人民政府土地行政主管部门（自然资源局）负责查处。

查处流程角度

1. 发现与立案：自然资源局在日常巡查、群众举报、卫星遥感监测等途径发现有人在基本农田上建住宅的违法行为后，会进行初步调查核实，确认违法事实存在且证据确凿的，会予以立案。
2. 调查取证：立案后，自然资源局会组成调查小组，对违法建设行为进行全面调查，收集相关证据，包括现场勘查笔录、照片、询问当事人及证人笔录等，以确定违法建设的主体、时间、面积、用途等情况。
3. 作出处罚决定：根据调查结果，自然资源局会依据《土地管理法》等相关法律法规，作出责令限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋、恢复土地原状，并处罚款的行政处罚决定。
4. 执行处罚决定：如果当事人在规定的期限内不履行处罚决定，自然资源局可以依法申请人民法院强制执行，由人民法院组织力量对违法建筑进行拆除。

特殊情况角度

如果基本农田上建住宅的行为涉及到农村村民住宅用地，且符合当地农村村民住宅建设规划等相关规定，但未依法办理用地审批手续的，自然资源局在查处时，会先责令当事人限期补办用地审批手续。如果当事人逾期不补办或者补办未被批准的，才会按照上述查处流程进行处理。

法律后果提示：在基本农田上建住宅是严重的违法行为，不仅会面临被拆除房屋、恢复土地原状的处罚，还可能被处以罚款。如果情节严重，构成犯罪的，还会被依法追究刑事责任。因此，建议不要在基本农田上建住宅，如果需要建设住宅，应当依法申请使用合法的宅基地。

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