当纳税人不服税务复议机关的决定，向法院提起行政诉讼时，被告是作出原具体行政行为的税务机关的上一级税务机关（即复议机关），但存在特殊情况。以下是详细分析：
一、一般情况下的被告确定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第二款：“经复议的案件，复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告；复议机关改变原行政行为的，复议机关是被告。”
- 在税务行政复议中，若复议机关维持了原税务机关的具体行政行为（如征税决定、处罚决定等），则原税务机关和复议机关应作为共同被告。但实践中，由于税务行政复议往往由上一级税务机关进行，且复议决定多会维持原决定（除非原决定存在明显违法或不当），因此，在提起行政诉讼时，通常会将作出原具体行政行为的税务机关和其上一级税务机关（即复议机关）列为共同被告。不过，若复议机关在复议过程中改变了原具体行政行为（如撤销了原征税决定、变更了处罚幅度等），则被告仅为复议机关。
实际操作：
- 在提起行政诉讼时，纳税人应明确被告身份，并根据复议决定的内容选择正确的被告。若复议决定维持了原决定，则需将原税务机关和复议机关同时列为被告；若复议决定改变了原决定，则只需将复议机关列为被告。
二、特殊情况下的被告确定
复议机关不作为的情况：
- 若纳税人在法定期限内向复议机关申请了行政复议，但复议机关逾期未作出复议决定，纳税人向法院提起行政诉讼时，被告应为复议机关。此时，纳税人可以起诉复议机关的不作为行为，要求法院判决复议机关履行复议职责或确认复议机关不作为违法。
复议机关作为共同被告的特殊情形：
- 在某些特定情况下，即使复议机关改变了原具体行政行为，但若该改变被视为“维持”原行为（如复议机关仅对原行为的理由或依据进行了部分调整，但未改变原行为的主要内容和结果），则原税务机关和复议机关仍可能被视为共同被告。不过，这种情况在税务行政复议中较为罕见，且需根据具体案情和法律规定进行判断。
三、法律建议
明确复议决定内容：
- 纳税人在提起行政诉讼前，应仔细审查复议决定的内容，明确复议机关是否维持了原具体行政行为或改变了原行为。这将直接影响被告的确定和诉讼策略的选择。
咨询专业律师：
- 由于税务行政复议和行政诉讼涉及复杂的法律问题和程序要求，纳税人在提起诉讼前应咨询专业律师的意见。律师可以根据具体案情和法律规定，为纳税人提供准确的法律建议和诉讼指导。
准备充分证据：
- 在提起行政诉讼时，纳税人应准备充分的证据来支持自己的诉讼请求。这包括原税务机关的具体行政行为文书、复议申请书、复议决定书、相关证据材料等。证据的充分性和合法性将直接影响诉讼的结果。
注意诉讼时效：
- 纳税人应在法定期限内向法院提起行政诉讼。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十五条的规定，公民、法人或其他组织不服复议决定的，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。逾期提起诉讼的，法院可能不予受理或驳回诉讼请求。
总结来说，当纳税人不服税务复议机关的决定向法院提起行政诉讼时，被告的确定需根据复议决定的内容来判断。若复议决定维持了原具体行政行为，则被告为原税务机关和复议机关；若复议决定改变了原行为，则被告为复议机关。在特殊情况下（如复议机关不作为），被告的确定可能有所不同。纳税人在提起诉讼前应咨询专业律师的意见，并准备充分的证据来支持自己的诉讼请求。