结论：合同里标注了设备和施工费，是否需要分开开具发票，这主要取决于合同双方的具体约定以及税务管理的相关规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
如果合同明确约定设备和施工费需分开开具发票：
- 那么双方应严格按照合同约定执行。这种约定通常是为了便于财务核算、税务申报以及可能存在的审计需求。分开开具发票可以清晰地展示设备费用和施工费用的具体金额，有助于双方进行准确的财务记录和税务处理。
如果合同未明确约定是否需要分开开具发票：
- 双方可以协商确定。在这种情况下，双方可以根据实际交易情况、财务需求以及税务管理要求，共同决定是否分开开具发票。如果双方认为分开开具发票更有利于财务管理和税务申报，那么可以达成一致意见并修改合同或签订补充协议。
二、税务管理角度
增值税发票的开具规定：
- 根据增值税的相关规定，销售货物或者提供应税劳务，应按照规定开具增值税发票。如果设备和施工费属于不同的应税项目，且双方希望分别进行税务申报和抵扣，那么分开开具发票是合理的选择。
税务合规性考虑：
- 无论是否分开开具发票，双方都应确保交易的真实性和合法性，并遵守相关的税务法规。如果分开开具发票，应确保每张发票的内容与实际交易相符，避免出现虚开发票等违法行为。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 首先，双方应仔细审查合同条款，明确是否有关于发票开具的具体约定。如果有，则按照合同约定执行；如果没有，则双方可以协商确定。
咨询税务机关：
- 如果双方对发票开具问题存在疑问或不确定如何操作，可以咨询当地税务机关或专业税务顾问的意见。他们可以根据具体的交易情况和税务法规，提供针对性的指导和建议。
保持沟通与合作：
- 在发票开具问题上，双方应保持密切的沟通与合作。如果一方对发票开具方式有异议或需要变更，应及时与对方协商并达成一致意见，以确保交易的顺利进行和税务合规性。
总结与进一步思考：合同里标注了设备和施工费是否需要分开开具发票，并没有一个固定的答案。它取决于合同双方的具体约定、税务管理要求以及实际交易情况。因此，在处理这类问题时，双方应仔细审查合同条款、咨询税务机关的意见，并保持密切的沟通与合作。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。