结论：在交通事故中，只要符合特定条件，即使事故已经通过双方协商解决，职工依然有权申请工伤认定，并享受相应的工伤保险待遇。工伤认定与交通事故赔偿并不冲突，两者在一定条件下可以兼得。
工伤认定的关键条件
根据《工伤保险条例》的规定，职工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害时，应当认定为工伤。这里的关键要素包括：
- 上下班途中：指的是职工在合理时间内往返于工作单位和住所地、经常居住地、单位宿舍等合理路线的上下班途中。
- 非本人主要责任：即职工在交通事故中不承担主要责任或全部责任。这通常需要通过交通事故责任认定书来确认。
申请工伤认定的流程
申请时间：
- 用人单位应在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。特殊情况可经社会保险行政部门同意适当延长。
- 若用人单位未按时申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内直接提出申请。
申请材料：
- 包括《工伤认定申请表》、劳动关系证明材料（如劳动合同、工资记录等）、医疗机构出具的受伤诊断证明，以及交通事故责任认定书或双方协商的协议书、证人证言等能证明事故经过和责任的材料。
认定决定：
- 社会保险行政部门将在受理申请之日起60日内作出工伤认定决定，出具《认定工伤决定书》或《不予认定工伤决定书》。对于事实清楚、权利义务明确的申请，可在15日内作出决定。
工伤待遇与交通事故赔偿的关系
工伤待遇与交通事故赔偿在某些项目上可以同时获得，但并非所有项目都能重复赔偿。例如，医疗费等重复项目通常不能重复获得赔偿。然而，除了这些重复项目外，工伤待遇和交通事故赔偿是可以兼得的。如果交通事故赔偿低于工伤赔偿标准，用人单位或工伤保险基金需补足差额部分。
特别提示：
- 在处理工伤与交通事故赔偿的关系时，职工应注意区分哪些项目可以重复赔偿，哪些项目不能重复赔偿，并根据实际情况合理主张自己的权益。
- 即使交通事故已经通过双方协商解决，职工仍应保留好相关证据材料，如交通事故责任认定书、双方协商的协议书等，以便在申请工伤认定时提供证明。
后续行动建议
- 及时申请工伤认定：如果符合工伤认定的条件，职工应及时向用人单位或社会保险行政部门提出工伤认定申请，以免错过申请时限。
- 保留好相关证据：在处理交通事故和工伤认定过程中，职工应保留好所有相关证据材料，以便在需要时提供证明。
- 咨询专业意见：如果职工在处理工伤认定和交通事故赔偿过程中遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。