结论：工伤已受理但公司不承认工伤的情况下，流程应继续进行，您有权依法维护自己的权益。
详细分析：
工伤认定的法律效力：
- 一旦工伤认定申请被受理，相关部门（如人力资源和社会保障局）将启动调查程序，以确定是否构成工伤。这一过程中，公司的承认与否并不影响工伤认定的法律程序。
- 工伤认定决定是基于事实和法律作出的，具有法律效力。即使公司不承认，也不影响认定决定的执行。
公司的否认与应对：
- 如果公司不承认工伤，它可能会提出异议或申请复议。但这并不改变工伤认定程序的继续进行。
- 您应积极配合工伤认定部门的调查，提供必要的证据和材料，如医疗记录、事故报告等，以支持您的工伤认定申请。
后续流程：
- 工伤认定决定：一旦工伤认定部门作出决定，无论是认定为工伤还是不认定为工伤，都会出具书面决定书。
- 行政复议或行政诉讼：如果您或公司对工伤认定决定不服，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。这是法律赋予的权利，用于纠正可能的错误认定。
- 劳动能力鉴定与赔偿：如果认定为工伤，接下来将进行劳动能力鉴定，以确定您的伤残等级。根据伤残等级，您将有权获得相应的工伤赔偿，包括医疗费、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。
法律建议：
- 保留证据：确保您保留所有与工伤相关的证据和材料，如医疗记录、事故现场照片、证人证言等。这些证据将在后续的工伤认定和赔偿过程中发挥重要作用。
- 及时咨询：如果您在工伤认定或赔偿过程中遇到任何问题或困难，建议及时咨询专业律师，如我，以获取专业的法律建议和帮助。
- 积极维权：不要因为公司的否认而放弃自己的权益。依法维权是您的权利，也是您获得应有赔偿的途径。
可能后果：
- 如果最终认定为工伤，您将有权获得相应的工伤赔偿，包括医疗费、伤残津贴等。
- 如果未认定为工伤，但您认为认定决定有误，可以通过行政复议或行政诉讼途径寻求救济。
- 在整个过程中，如果公司存在违法行为（如故意隐瞒事故真相、拒绝提供必要证据等），您还可以考虑向相关部门举报或提起民事诉讼。
总结：工伤已受理但公司不承认工伤的情况下，您应继续配合工伤认定部门的调查，保留好相关证据和材料，并在必要时寻求专业律师的帮助。依法维权是您的权利，也是您获得应有赔偿的保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。