在劳动仲裁中，如果工资是由总公司发放，但在分公司的钉钉上打卡，一般建议将总公司和分公司都列为被申请人，或者根据实际情况选择更合适的主体。 以下是从不同角度进行的分析：

1. 劳动关系认定角度：

   • 劳动关系的认定通常基于劳动合同的签订、工资的发放以及工作管理的实际主体等因素。在此情况下，虽然工资由总公司发放，但打卡记录显示劳动者在分公司工作，这可能表明分公司对劳动者进行了实际的工作管理。
   • 如果劳动者与总公司签订了劳动合同，但实际在分公司工作，且分公司对劳动者进行了日常管理，那么总公司和分公司都可能与劳动者存在劳动关系上的关联。因此，将两者都列为被申请人有助于全面解决争议。

2. 工资发放与责任承担角度：

   • 工资由总公司发放，并不意味着总公司就是唯一的责任主体。如果分公司对劳动者进行了实际的管理，并且劳动者的权益受到侵害（如未支付加班费、未缴纳社保等），分公司也可能需要承担相应的责任。
   • 在劳动仲裁中，如果仅将总公司列为被申请人，可能会忽略分公司在劳动关系中的实际作用，从而不利于劳动者权益的全面保护。

3. 实际操作与便利性角度：

   • 将总公司和分公司都列为被申请人，可以确保在仲裁过程中，所有与劳动关系相关的主体都被纳入考虑范围，从而更全面地解决争议。
   • 如果劳动者不确定哪个主体应该承担责任，或者担心遗漏责任主体，将两者都列为被申请人是一个相对稳妥的选择。当然，如果劳动者有明确的证据表明只有其中一个主体应该承担责任，那么也可以只选择该主体作为被申请人。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果总公司与分公司之间存在明确的内部协议，约定了劳动关系的处理方式或责任承担方式，那么劳动者在申请仲裁时应该考虑这些协议的内容。
   • 如果分公司是总公司的分支机构，且没有独立的法人资格，那么根据相关法律规定，分公司可能无法独立承担民事责任。在这种情况下，将总公司列为被申请人可能是更合适的选择。

建议：

• 在申请劳动仲裁前，劳动者应尽可能收集与劳动关系相关的证据，如劳动合同、工资发放记录、打卡记录、工作邮件等，以明确自己的权益和责任主体。
• 如果劳动者对选择哪个主体作为被申请人存在疑问，可以咨询专业的劳动法律师或劳动仲裁机构的工作人员，以获取更具体的建议。
• 在填写仲裁申请书时，劳动者应清晰、准确地描述自己的诉求和事实理由，并明确列出被申请人名称和相关信息。

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