劳动仲裁程序中，劳动仲裁机构有权确认人民调解协议无效，但需满足一定条件。以下是对此问题的详细分析：

一、劳动仲裁机构对协议效力的审查权

劳动仲裁机构在处理劳动争议时，具有对涉及协议效力的审查权。这包括对劳动合同、集体合同以及其他与劳动关系相关的协议（如人民调解协议，若其内容涉及劳动争议）的效力进行审查。当劳动者与用人单位就人民调解协议的效力产生分歧，且该协议内容与劳动争议相关时，劳动仲裁机构可以成为解决此类争议的平台。

二、确认协议无效的条件

劳动仲裁机构在审查人民调解协议时，若发现协议存在以下无效情形，可以裁决其无效：

1. 违反法律、行政法规的强制性规定：如果人民调解协议的内容与法律或行政法规的强制性规定相悖，该协议将被认定为无效。
2. 以欺诈、胁迫手段订立或变更：若协议是在欺诈或胁迫的情况下订立或变更的，且损害了国家利益或一方当事人的合法权益，该协议同样无效。
3. 恶意串通：如果协议是当事人恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的产物，也将被认定为无效。
4. 以合法形式掩盖非法目的：协议若以合法形式掩盖了非法目的，如逃避法律责任、损害他人权益等，其效力同样不被认可。
5. 损害社会公共利益：任何损害社会公共利益的协议，都将被视为无效。
6. 其他导致合同或条款无效的情形：除上述情形外，任何其他导致合同或条款无效的情况，如显失公平、重大误解等，也可能被劳动仲裁机构所认定。

三、具体案例分析

假设劳动者与用人单位因劳动争议达成人民调解协议，但协议中存在免除用人单位法定责任或排除劳动者权利的条款。在此情况下，劳动者有权向劳动仲裁机构申请，要求确认该人民调解协议无效。劳动仲裁机构在审查后，若认为确实存在无效情形，将依法作出裁决，确认该协议无效，从而保护劳动者的合法权益。

四、法律建议

1. 了解相关法律法规：劳动者和用人单位在签订人民调解协议前，应充分了解相关法律法规，确保协议内容合法合规。
2. 谨慎签订协议：在签订人民调解协议时，双方应谨慎对待协议条款，避免存在无效情形。如有必要，可咨询专业律师或法律机构。
3. 及时申请仲裁：若劳动者认为人民调解协议存在无效情形，应及时向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自身合法权益。

总结来说，劳动仲裁程序中，劳动仲裁机构有权确认人民调解协议无效，但需满足一定条件。劳动者和用人单位在签订和履行人民调解协议时，应遵守相关法律法规，确保协议内容合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。