保密协议、竞业限制协议与知识产权条款在公司合同中一并约定是合理且常见的做法。以下从不同角度对此进行详细分析：
一、法律合规性角度
保密协议：保密协议是公司与员工之间就公司商业秘密、技术秘密等敏感信息的保护所达成的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司有权要求员工保守公司的商业秘密，并可以签订保密协议来明确双方的权利和义务。
竞业限制协议：竞业限制协议是公司与员工之间就员工在离职后一定期限内不得从事与公司业务相竞争的活动所达成的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十四条，竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员，且竞业限制期限不得超过二年。在符合法律规定的条件下，竞业限制协议是有效的。
知识产权条款：知识产权条款是公司合同中关于公司知识产权归属、使用、保护等方面的约定。这些条款有助于明确公司与员工在知识产权方面的权利和义务，防止知识产权纠纷的发生。
将保密协议、竞业限制协议与知识产权条款一并约定在公司合同中，并不违反法律法规的强制性规定，因此是合法的。
二、商业合理性角度
保护公司利益：保密协议、竞业限制协议和知识产权条款都是保护公司利益的重要手段。保密协议可以防止公司敏感信息的泄露，竞业限制协议可以防止员工离职后从事与公司相竞争的活动，知识产权条款可以明确公司知识产权的归属和使用。将这三者一并约定在公司合同中，可以形成一套完整的保护体系，更有效地保护公司的利益。
提高合同效率：将保密协议、竞业限制协议和知识产权条款一并约定在公司合同中，可以避免单独签订多个协议的繁琐过程，提高合同签订的效率。同时，也有助于员工更全面地了解公司的要求和期望，从而更好地履行自己的义务。
降低法律风险：通过在公司合同中明确保密、竞业限制和知识产权方面的条款，可以降低公司因员工行为不当而引发的法律风险。例如，如果员工违反了保密协议或竞业限制协议，公司可以依据合同条款追究员工的法律责任；如果员工侵犯了公司的知识产权，公司也可以依据合同条款维护自己的权益。
三、实践操作角度
条款设计：在设计公司合同时，应确保保密协议、竞业限制协议和知识产权条款的条款内容明确、具体、可操作。例如，保密协议应明确保密信息的范围、保密期限、保密义务等；竞业限制协议应明确竞业限制的范围、期限、补偿等；知识产权条款应明确知识产权的归属、使用、保护等。
员工沟通：在签订公司合同前，应与员工进行充分的沟通，确保员工理解并同意合同中的保密、竞业限制和知识产权条款。这有助于增强员工的合规意识，减少后续纠纷的发生。
法律审查：在签订公司合同前，应请专业律师对合同进行法律审查，确保合同条款的合法性和有效性。这有助于避免合同条款存在法律漏洞或风险，从而保护公司的利益。
综上所述，保密协议、竞业限制协议与知识产权条款在公司合同中一并约定是合理且常见的做法。如果你在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。