结论：公司要求员工在工伤垫付医疗费用时打借条，这一做法是否合理需分情况讨论，若公司明确表示该款项为预支工资且后续会从工资中扣除，则要求打借条具有一定合理性；若公司意图将此款项作为借款处理，则不合理。以下为详细分析：
一、预支工资情形下的合理性分析
法律性质：预支工资是公司基于员工当前经济困难，提前支付员工未来应得工资的行为。在工伤情况下，员工因治疗需要可能面临经济压力，公司预支工资以帮助员工渡过难关，体现了公司的人文关怀。
借条的作用：在此情形下，公司要求员工打借条，主要是为了明确预支工资的金额、还款方式（通常为从后续工资中扣除）及还款时间等关键信息，以保障公司的合法权益。借条作为一种书面证据，有助于双方在未来可能出现的纠纷中明确责任。
合理性判断：若公司明确告知员工该款项为预支工资，并详细说明了还款方式及时间，且借条内容与此相符，则要求打借条是合理的。这既保护了公司的利益，也确保了员工对预支工资的了解和认可。
二、借款情形下的不合理性分析
法律性质：若公司意图将工伤垫付的医疗费用作为借款处理，即要求员工在未来以某种形式（不限于工资扣除）偿还该款项，则这一做法与工伤赔偿的初衷相悖。工伤赔偿是公司应承担的法律责任，不应通过借款形式转嫁给员工。
借条的误导性：在此情形下，借条可能被用作误导员工的工具，使员工误以为该款项为借款而非工伤垫付。这可能导致员工在未来主张工伤赔偿时面临困难，甚至可能因误解而放弃部分合法权益。
不合理性判断：若公司未明确告知员工该款项为借款，或借条内容与实际情况不符（如未说明还款方式、时间等关键信息），则要求打借条是不合理的。这可能损害员工的合法权益，甚至构成欺诈行为。
三、建议与注意事项
明确款项性质：员工在签署借条前，应与公司明确款项的性质（预支工资还是借款），并要求公司在借条中明确注明。这有助于避免未来可能出现的纠纷。
保留相关证据：员工应妥善保管与工伤相关的所有证据（如医疗费用发票、工伤认定书等），以便在未来主张工伤赔偿时提供有力支持。
咨询专业律师：若员工对公司的要求存在疑问或担忧，应及时咨询专业律师以获取法律建议。律师可以根据具体情况为员工提供针对性的法律指导，帮助员工维护自身合法权益。
最后，工伤赔偿是公司应承担的法律责任，员工在遭遇工伤时应积极主张自己的合法权益。若公司要求打借条，员工应谨慎对待并明确款项性质，必要时可寻求专业律师的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。