若借款已转为股份，但借款协议或借条未抽回，出借人仍依据借款起诉的，法院会根据具体证据和事实情况来认定法律关系，并作出相应判决，具体分析如下：

1. 若能证明借款已转为股份：

   • 在此情况下，尽管借款协议或借条未被抽回，但如果双方有明确的书面或口头协议，证明借款已经转化为股份投资，且该转化已经实际履行（例如，完成了股权变更登记、出具了出资证明等），那么法院通常会认定双方之间的法律关系已经由借贷关系转变为股权投资关系。
   • 出借人再依据借款协议或借条起诉要求还款的，法院将不会支持其诉讼请求，因为此时双方的法律关系已经发生了根本性变化。

2. 若不能证明借款已转为股份：

   • 如果出借人能够提供借款协议或借条等有效证据，证明双方之间存在借贷关系，而借款人无法提供充分证据证明借款已经转化为股份投资，或者该转化并未实际履行，那么法院将认定双方之间的借贷关系仍然存在。
   • 在此情况下，出借人依据借款协议或借条起诉要求还款的，法院将支持其诉讼请求，判决借款人偿还借款本金及相应利息。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果双方对借款是否转为股份存在争议，且均无法提供充分证据证明自己的主张，法院可能会根据双方提供的证据、交易习惯、行业惯例等因素，综合判断双方之间的真实法律关系。
   • 在某些情况下，如果法院认为双方之间的法律关系存在模糊或不明确之处，可能会要求双方进一步提供证据或进行补充调查，以便更准确地认定事实并作出判决。

建议：

• 对于借款人而言，如果借款已经转化为股份投资，应及时与出借人协商，抽回或作废借款协议或借条，并办理相关的股权变更登记手续，以避免不必要的法律纠纷。
• 对于出借人而言，在将借款转化为股份投资前，应充分了解借款人的信用状况、经营能力等情况，并签订详细的股权投资协议，明确双方的权利义务关系，以保障自己的合法权益。
• 如果双方已经发生争议，建议及时咨询专业律师，根据具体情况制定合适的诉讼策略，以维护自己的合法权益。