结论：加班迟到一分钟扣半小时工资的做法，一般是不合理的，且可能违反相关法律法规。下面我从几个角度详细分析这个问题：

一、从劳动法的角度来看

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，劳动者的工资应当与其实际提供的劳动量相对应。加班迟到一分钟，虽然可能对工作安排产生一定影响，但直接扣半小时工资，显然与劳动者实际提供的劳动量不符，这种做法缺乏合理性。

二、从规章制度的角度来看

用人单位可以制定规章制度来规范员工的行为，但这些规章制度必须合法、合理，并且经过民主程序制定，向劳动者公示。如果用人单位的规章制度中明确规定了加班迟到一分钟扣半小时工资，那么这一规定可能因违反法律法规的强制性规定（如劳动法中关于工资支付的规定）而无效。即使规章制度经过了民主程序制定并公示，如果其内容不合理，也可能被认定为无效。

三、从实际操作的角度来看

在实际操作中，用人单位对员工的迟到行为进行处罚时，应当遵循公平、合理的原则。直接扣半小时工资的做法，可能过于严厉，不利于维护和谐的劳动关系。用人单位可以考虑采取其他方式，如口头警告、书面警告、扣减绩效奖金等，来对员工的迟到行为进行处罚，这些方式既能够起到警示作用，又能够避免对员工造成过大的经济负担。

四、法律建议

1. 与用人单位协商：如果你认为加班迟到一分钟扣半小时工资的做法不合理，可以首先与用人单位进行协商，表达你的观点和诉求，寻求合理的解决方案。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，请求他们介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并保护劳动者的合法权益。
3. 申请劳动仲裁：如果问题仍然无法得到解决，你还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。

最后，加班迟到一分钟扣半小时工资的做法一般是不合理的，且可能违反相关法律法规。如果你遇到了这种情况，不要慌张，可以按照上述建议来维护自己的权益。如果你还有其他劳动纠纷或工伤赔偿方面的问题，也可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律帮助。