您好，关于公司安排员工上两天休两天的工作制度，这通常涉及到特殊工时制度的申请和审批。以下是我为您详细梳理的办理流程和所需手续：

一、办理依据

根据《中华人民共和国劳动法》、《国务院关于职工工作时间的规定》以及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等相关法律法规，企业因生产特点或工作性质不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。

二、申请条件

1. 综合计算工时工作制：适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中需要连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工等。

2. 不定时工作制：适用于国有企业中的高级管理人员，非国有企业中经营管理人员事先约定实行年薪制的，以及从事无法按标准工作时间衡量的外勤人员、实行工作量与工资挂钩的推销人员等特定工种或岗位的职工。

若您公司的员工情况符合上述条件之一，即可考虑申请特殊工时制度。

三、申报材料

在申请时，您需要准备以下材料：

1. 实施特殊工时制申请表；
2. 参加特殊工时人员花名册；
3. 参加特殊工时人员参保信息；
4. 营业执照；
5. 法定代表人身份复印件；
6. 经办人员身份复印件；
7. 企业规章制度。

四、办理程序

1. 提交申请：将上述申报材料提交至当地劳动行政部门（如义安区人社局劳动人事争议仲裁院），并选择结果送达方式。

2. 审核材料：受理机构在收到材料后，会在承诺时间内完成审核工作。审核过程中，可能会要求您补充或修改相关材料。

3. 作出决定：根据审核结果，劳动行政部门会作出准予或不予受理的决定。若准予受理，将进入下一步审批流程；若不予受理，会说明理由，并告知您享有依法申请行政复议或提起行政诉讼的权利。

4. 审批结果送达：决定机构作出决定并办结事项后，会根据您选择的送达方式送达办事结果。

五、注意事项

1. 不同地区的劳动行政部门可能对申报材料和办理程序有细微差异，建议您在申请前先咨询当地劳动行政部门或查阅相关官方网站，以获取最准确的信息。

2. 申请特殊工时制度需确保符合相关法律法规的规定，且不得损害员工的合法权益。在申请过程中，应充分与员工沟通，确保员工了解并同意新的工作制度。

3. 若申请获得批准，公司应严格按照批准的工作制度执行，并定期向劳动行政部门报告执行情况。

希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地劳动行政部门或专业律师。