结论：关于“上两天休一天，公司是否只算上班两天”的问题，这主要取决于公司的具体考勤制度和工资计算方式，但通常情况下，公司不应仅因员工休息就扣除其应得的工资或不计入工作日，除非有明确的规章制度且该制度合法合理。以下从不同角度进行分析：
一、公司考勤制度与工资计算
公司规章制度：
- 公司通常会制定自己的考勤制度和工资计算方式，这些制度应当明确规定工作日、休息日以及加班、请假等情况下的工资计算方法。
- 如果公司的规章制度中明确规定“上两天休一天”的情况下只计算上班两天为工作日，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能按照此规定执行。但这样的规定必须合法合理，且应经过民主程序制定并公示给员工，否则可能因侵犯员工权益而被认定为无效。
工资计算方式：
- 工资的计算通常基于员工的工作日、加班情况、请假情况等因素。在“上两天休一天”的安排下，如果员工实际工作了两天，且这两天均属于正常工作日，那么公司应当按照这两个工作日来计算工资。
- 如果公司因员工休息而扣除工资或不计入工作日，这可能构成克扣工资的行为，违反了《劳动法》中关于工资支付的规定。
二、法律法规的强制性规定
《劳动法》的相关规定：
- 根据《劳动法》的规定，劳动者有休息休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。在“上两天休一天”的安排下，如果这一安排符合法律法规关于工作时间和休息休假的规定，那么公司应当按照实际工作日来计算工资。
- 如果公司因员工休息而扣除工资或采取其他不利措施，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
工资支付义务：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。在“上两天休一天”的情况下，如果员工已经履行了劳动合同约定的劳动义务，公司就应当按照约定支付工资。
三、实际操作建议
查看公司规章制度：
- 员工应当首先查看公司的规章制度，了解公司对于“上两天休一天”情况下的工资计算方式是否有明确规定。
与公司沟通协商：
- 如果员工对公司的工资计算方式有疑问或不满，可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果公司拒绝支付应得的工资或采取其他不利措施，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，必要时也可以寻求法律援助或咨询专业律师（即我，孙芹律师，专注于劳动纠纷领域）来维护自己的合法权益。
示例说明：假设某公司实行“上两天休一天”的考勤制度，且规定这两天均属于正常工作日。员工小张按照这一制度工作了两个月，但公司只计算了他实际上班的天数（即每个月大约20天，而非按照全月工作日计算）来支付工资。在这种情况下，小张有权要求公司按照全月工作日来计算工资，并可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的权益。