结论：公司收购农产品没有自产证明就被定为虚开，这一做法并不一定完全合理，需要结合具体情况进行判断。以下从多个角度进行分析：
一、法律背景与规定
虚开发票的认定：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税收法律法规，虚开发票通常指的是为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或者让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，以及介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
- 虚开发票的行为是违法的，并可能面临税务处罚，包括罚款、没收违法所得，甚至可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
自产证明的作用：
- 自产证明是证明农产品由纳税人自行生产、种植或养殖的凭证。在农产品收购过程中，自产证明可以作为确认收购行为真实性和合法性的重要依据。
- 然而，自产证明并非认定虚开发票的唯一或决定性因素。税务机关在认定虚开发票时，需要综合考虑多种因素，包括交易的真实性、发票的开具情况、资金的流向等。
二、没有自产证明是否一定构成虚开
不一定构成虚开：
- 如果公司收购的农产品确实是由农户自行生产、种植或养殖的，但由于各种原因（如农户未办理自产证明、证明遗失等）无法提供自产证明，这并不意味着收购行为就是虚开的。
- 在这种情况下，公司可以通过其他方式证明收购行为的真实性，如提供收购合同、付款凭证、农户的身份证明等。
可能构成虚开的情形：
- 如果公司收购的农产品并非由农户自行生产、种植或养殖，而是从其他渠道购入后再以农户的名义开具发票，或者公司根本未进行实际的农产品收购活动，只是虚构交易以开具发票，那么这种行为就可能构成虚开发票。
- 在这种情况下，即使公司提供了自产证明或其他相关凭证，也无法掩盖其虚开发票的违法事实。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 公司在收购农产品时，应确保交易的真实性和合法性，并妥善保管相关凭证和资料，包括自产证明、收购合同、付款凭证等。
- 如果无法提供自产证明，公司应积极与税务机关沟通，提供其他能够证明收购行为真实性的凭证和资料，以避免被误认定为虚开发票。
法律后果：
- 如果公司被认定为虚开发票，将面临税务处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 如果虚开发票的行为构成犯罪，公司及其相关责任人员还将承担刑事责任，可能面临有期徒刑、拘役或罚金等处罚。
总结来说，公司收购农产品没有自产证明并不一定就被定为虚开。税务机关在认定虚开发票时，需要综合考虑多种因素。因此，公司在收购农产品时，应确保交易的真实性和合法性，并妥善保管相关凭证和资料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。