企业虚开农产品收购发票是违法行为，这一行为将受到税务机关的严厉处罚，并可能触犯刑法，同时需承担可能的民事赔偿责任，对企业的声誉和长期发展也会产生负面影响。以下是对此问题的详细分析：
一、行政责任
没收违法所得与罚款：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，虚开发票的，由税务机关没收违法所得。若虚开金额在1万元以下，可并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，则并处5万元以上50万元以下的罚款。
停止使用或收缴发票：
- 税务机关有权根据情节严重程度，责令企业限期改正，甚至收缴其发票或停止向其发售发票，以遏制虚开发票的行为。
二、刑事责任
虚开发票罪：
- 依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开除增值税专用发票以外的其他发票（包括农产品收购发票），情节严重的，将面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金的刑事处罚。情节特别严重的，处罚将更为严厉，包括二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
虚开增值税专用发票罪（如适用）：
- 若农产品收购发票被用于虚抵增值税进项税额，企业将面临更严厉的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役以及高额罚金，甚至可能面临无期徒刑和没收财产。
单位犯罪：
- 对于单位犯罪，不仅单位本身将被判处罚金，其直接负责的主管人员和其他直接责任人员也将依据上述规定承担相应的刑事责任。
三、民事赔偿责任
- 企业因虚开农产品收购发票导致国家税收损失的，税务机关有权要求企业补缴相应税款及滞纳金。
- 若虚开发票行为给其他第三方（如交易相对方、被误导的投资者等）造成经济损失，受损方可通过民事诉讼要求企业承担赔偿责任。
四、其他影响
- 企业虚开农产品收购发票还可能对其声誉、经济利益乃至长期发展产生重大负面影响。例如，被列入黑名单、纳税信用级别降低、领用发票受限等，进而影响企业的贷款和融资能力。
五、合规建议
- 严格遵守法律法规：企业在开具农产品收购发票时，必须严格遵守《中华人民共和国发票管理办法》、《中华人民共和国增值税暂行条例》等相关法律法规和规范性文件的规定。
- 加强内部管理：企业应建立健全的发票管理制度，确保发票的开具、取得、保管等环节符合法律法规要求。
- 提高法律意识：企业应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识，避免因无知或疏忽而触犯法律。
综上所述，企业虚开农产品收购发票的行为是极其危险的，不仅将面临严苛的法律制裁，还可能对企业的正常运营和未来发展造成不可估量的损害。因此，企业必须严格遵守相关税收法律法规，加强内部管理，确保合规经营。