企业若虚开农产品收购发票，将承担一系列严重的法律责任，这些责任不仅涉及行政处罚，还可能触犯刑法，并需承担民事赔偿责任，同时还会对企业的声誉和长期发展造成不利影响。以下是对此问题的详细解答：
一、行政责任
没收违法所得与罚款：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，企业虚开发票的，税务机关将没收其违法所得。若虚开金额在1万元以下，可并处5万元以下的罚款；若虚开金额超过1万元，则并处5万元以上50万元以下的罚款。
停止使用或收缴发票：
- 税务机关有权根据情节严重程度，责令企业限期改正，甚至收缴其发票或停止向其发售发票，以遏制其违法行为。
二、刑事责任
虚开发票罪：
- 依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，企业虚开除增值税专用发票以外的其他发票（包括农产品收购发票），情节严重的，将面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金的刑事处罚。若情节特别严重，则处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- “情节严重”的判定通常结合虚开发票的份数、金额等因素，如虚开普通发票100份以上或虚开金额累计在40万元以上等。
虚开增值税专用发票罪（若涉及）：
- 若农产品收购发票被用于虚抵增值税进项税额，企业将面临更严厉的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、管制以及罚金等，具体根据虚开税款数额的大小和情节严重程度来判定。
单位犯罪：
- 对于单位犯罪，不仅单位本身将被判处罚金，其直接负责的主管人员和其他直接责任人员也将依据上述规定承担相应的刑事责任。
三、民事赔偿责任
- 若因企业虚开农产品收购发票导致国家税收损失，税务机关有权要求企业补缴相应税款及滞纳金。
- 若虚开发票行为给其他第三方（如交易相对方、被误导的投资者等）造成经济损失，受损方有权通过民事诉讼要求企业承担赔偿责任。
四、其他影响
- 企业虚开农产品收购发票还可能对其声誉、经济利益乃至长期发展产生重大负面影响。例如，企业可能被列入黑名单、纳税信用级别降低、领用发票受限等，进而影响企业的贷款和融资能力。
五、合规建议
- 严格遵守法律法规：企业应全面了解并严格遵守《中华人民共和国发票管理办法》、《中华人民共和国增值税暂行条例》以及国家税务总局和地方税务部门的相关规定，确保发票的合法性、真实性和有效性。
- 加强内部管理：企业应建立健全的发票管理制度，加强对发票开具、取得、保管等环节的审核和监督，防止虚开发票行为的发生。
- 及时咨询税务部门：企业在开具农产品收购发票时，如有疑问或不确定之处，应及时咨询当地税务部门，以确保合规操作。
综上所述，企业虚开农产品收购发票的行为是极其危险的，不仅将面临严苛的法律制裁，还可能对企业的正常运营和未来发展造成不可估量的损害。因此，企业必须严格遵守相关税收法律法规，加强内部管理，确保合规经营。