事业单位一般可以因迟到扣绩效，但需满足一定条件。具体分析如下：

1. 规章制度依据
   根据《事业单位人事管理条例》第十五条，事业单位可依法制定内部绩效考核制度。若单位已通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定合法有效的规章制度，且明确将迟到行为与绩效扣减挂钩（例如规定“每月迟到超过3次扣减当月绩效10%”），则该制度具有法律效力，单位可据此执行。

2. 合理性边界
   扣减绩效需符合“比例原则”：

   • 程度合理：扣减比例应与迟到情节匹配。例如，迟到5分钟与迟到2小时的扣减幅度应有区别；
     
   • 程序透明：扣减前需告知员工制度依据及具体扣减金额，避免“暗箱操作”；
     
   • 累计限制：单次扣减不得导致员工实发工资低于当地最低工资标准，否则涉嫌违法。

3. 例外情形
   若单位存在以下情况，扣绩效可能被认定违法：

   • 制度未公示：规章制度未通过培训、签字等方式告知员工；
     
   • 歧视性执行：仅对特定员工扣绩效，或对相同迟到行为扣减标准不一；
     
   • 违反上位法：如扣减后工资低于《劳动法》规定的最低工资标准。

建议：若您因迟到被扣绩效，可先核对单位规章制度是否合法公示，并确认扣减幅度是否合理。如存在争议，可向单位人事部门提出书面异议，或通过劳动仲裁维护权益。如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询。