公司以工件超差为由扣钱是否合法，需结合具体情况判断，若符合以下条件则合法，否则可能不合法：
合法的扣钱情形
有明确且合法的规章制度：
- 公司应制定合法有效的规章制度，明确规定工件超差等具体工作失误会导致工资扣减，并确保这些规定不违反法律法规的强制性规定。规章制度应详细列明失误类型、扣减标准等，以便员工清晰了解并遵守。例如，规章制度中可以规定“因工件超差导致公司直接经济损失超过一定金额的，可按损失的一定比例扣减员工工资，但每月扣减部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准”。
规章制度民主制定并公示：
- 根据《劳动合同法》的规定，涉及劳动者切身利益的规章制度应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。规章制度制定后，公司应将其公示或告知劳动者，确保员工知晓并理解相关规定。如果公司未履行这些程序，规章制度可能不具备法律效力，公司以此为由扣钱也就不合法。
失误与损失有直接关联：
- 员工的工作失误（如工件超差）必须确实给公司造成了经济损失，且公司能够证明这种直接因果关系。例如，公司需要提供证据证明工件超差是由于员工的操作失误导致的，并且这种超差直接导致了公司产品的报废或客户索赔等经济损失。
- 扣减工资的数额应与员工失误所造成的损失相适应，且不得超过法律规定的上限。如前所述，每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
不合法的扣钱情形
缺乏制度依据：
- 公司没有制定相关规章制度，或虽有制度但未明确规定工件超差等具体工作失误的扣钱情形，却随意以此为由扣减员工工资。这种情况下，公司的扣钱行为缺乏合法依据，员工有权拒绝。
制度不合法：
- 公司的规章制度违反法律法规的规定，如扣减工资的比例过高、对工作失误的界定不合理等。例如，规章制度中规定“因工件超差，无论损失大小，一律扣减员工当月工资的50%”，这样的规定显然违反了法律规定的扣减上限，因此不合法。
- 规章制度的内容或制定程序不符合法律规定，如未经民主制定、未公示等。如果公司未履行这些法定程序，规章制度可能不具备法律效力，公司以此为由扣钱也就不合法。
无法证明损失与失误的关联：
- 公司无法提供充分证据证明员工的工作失误（如工件超差）与公司所声称的经济损失之间存在直接因果关系。例如，公司声称因工件超差导致客户索赔，但无法提供索赔函、赔偿协议等证据证明这种因果关系，那么公司以此为由扣钱就缺乏合法依据。
员工权益保护
如果员工认为公司以工件超差为由扣钱不合法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与公司协商解决：首先尝试与公司进行沟通，了解扣钱的具体原因和依据，并提出自己的异议和诉求。在协商过程中，员工可以要求公司提供相关证据证明工作失误与经济损失之间的直接因果关系，以及扣减工资的合法性和合理性。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行查处，并要求公司改正违法行为、补发被扣减的工资等。
申请劳动仲裁：若投诉仍无法解决问题，员工可以依法向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。在劳动仲裁过程中，员工需要提供相关证据证明公司的扣钱行为不合法，并请求劳动仲裁委员会裁决公司补发被扣减的工资、支付经济补偿等。
综上所述，公司以工件超差为由扣钱是否合法，关键在于公司是否有合法、合理且明确的规章制度作为依据，并严格遵循相关法律法规的规定。员工在面临此类问题时，应了解自己的权益和保护途径，必要时可向我咨询以维护自身合法权益。