纪委对政府机关单位拖欠临时工工资40个月的处理方式，需结合具体情节、责任主体及党纪政纪规定综合判断，可能涉及以下处理方向：

1. 对单位主体的责任追究

• 纪律处分：若单位存在故意截留、挪用经费或违规决策导致拖欠，可能被认定为“违反财经纪律”或“不履行职责”，依据《中国共产党纪律处分条例》第114条（对单位直接责任者和领导责任者给予警告至撤职处分）或《行政机关公务员处分条例》第20条（对直接责任人员给予警告至记大过处分）。
• 整改要求：纪委可责令单位限期补发工资，并要求完善财务制度、加强预算执行监督，防止类似问题再次发生。

2. 对直接责任人的追责

• 领导责任：若单位负责人（如分管财务的领导、一把手）存在失职渎职行为（如未及时申请经费、未协调解决拖欠问题），可能被认定为“不正确履行职责”，依据《中国共产党问责条例》第7条给予诫勉、组织调整或处分。
• 具体经办人责任：若财务人员或人事管理人员存在故意拖延、隐瞒情况等行为，可能被认定为“违反工作纪律”，依据《公职人员政务处分法》第39条给予警告至开除处分。

3. 对拖欠工资行为的定性

• 劳动权益侵害：根据《劳动法》第50条，工资应当以货币形式按月支付。拖欠40个月已涉嫌严重违法，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼主张权益，纪委可能督促单位优先解决工资问题。
• 社会稳定风险：若拖欠导致群体性事件或恶劣社会影响，纪委可能将此作为“形式主义、官僚主义”典型问题，对单位进行通报批评并追究领导责任。

4. 处理流程与依据

• 线索受理：纪委可能通过信访举报、审计移送或监督检查发现该问题。
• 初步核实：调查单位经费申请流程、财务记录及责任人履职情况。
• 立案审查：若存在违纪违法事实，对责任人立案并依规处理。
• 结果公开：处理决定可能通过党内通报或行政公开，形成警示效应。

5. 临时工维权建议

• 保留证据：保存劳动合同、工资条、工作记录等证明劳动关系及拖欠事实的材料。
• 申请仲裁：向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位支付工资及经济补偿。
• 投诉举报：向当地劳动监察部门或纪委监委反映问题，推动单位整改。

总结：纪委的处理核心是“查责任、促整改、保权益”，既追究单位及责任人的违纪违法责任，也推动解决拖欠工资问题。具体处理需结合单位性质（如行政机关、事业单位）、经费来源（如财政拨款、自筹资金）及责任人主观过错等因素综合判定。若您涉及具体案件，可进一步提供细节，我将为您分析法律风险及应对策略。