当建筑工程合同被认定为无效时，工程款的结算确实是一个需要细致处理的问题。以下是我为您详细梳理的结算流程和相关注意事项：
一、基本原则
首先，我们要明确的是，即使建筑工程合同无效，但如果建设工程已经通过了竣工验收且质量合格，承包人仍然有权请求参照合同中的约定来支付工程价款。这一原则是为了保障承包人在实际投入和建设成果上的合法权益。
二、具体处理方式
工程质量合格的情况：
- 承包人可以依据合同中的约定，向发包人请求支付工程价款。这里需要注意的是，尽管合同无效，但合同中的价款支付条款在工程质量合格的前提下，仍然具有参照价值。
- 如果双方对工程款数额存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决。在诉讼过程中，法院可能会委托专业的鉴定机构对工程质量和造价进行鉴定，以确保工程款的数额合理且公正。
工程质量不合格的情况：
- 如果工程在验收时不合格，但经过修复后合格了，那么发包人可以要求承包人承担修复费用，并从应支付的工程款中扣除这部分费用。
- 如果工程经过修复后仍然不合格，那么承包人将无权请求支付工程价款，并且可能需要赔偿发包人因此遭受的损失。
特殊情形的处理：
- 在某些情况下，如当事人就同一建设工程订立的数份合同均无效，但建设工程质量合格，那么一方当事人可以请求参照实际履行的合同中关于工程价款的约定来折价补偿对方。如果无法确定实际履行的合同，则可以参照最后签订的合同中的约定。
- 对于因转包、违法分包等导致合同无效的情况，实际施工人有权以转包人、违法分包人为被告起诉要求支付工程款。如果发包人在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任，那么实际施工人也可以将发包人列为共同被告或第三人。
三、注意事项
证据收集与保存：
- 在处理合同无效且涉及工程款结算的纠纷时，证据的收集和保存至关重要。承包人应妥善保管与工程施工相关的所有文件、记录、照片等证据材料，以便在需要时能够证明自己的权益。
及时主张权利：
- 一旦发现合同可能无效或存在纠纷隐患，承包人应及时采取措施主张自己的权利。这包括与发包方进行沟通协商、寻求专业法律意见以及必要时提起诉讼或仲裁等。
遵循法定程序：
- 在处理此类纠纷时，必须严格遵循法定的程序和规定。例如，在提起诉讼前应先尝试通过协商、调解等非诉讼方式解决纠纷；在诉讼过程中应遵守法院的审理规则和程序要求等。
综上所述，建筑工程合同无效时的工程款结算问题需要综合考虑工程质量、合同约定及实际情况等多方面因素。双方应保持冷静理性，通过协商、调解或法律途径解决争议，并确保工程款的合理支付。希望这些信息能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。